به دنبال رد مصوبه مجلس درباره حضور اقلیت‌های دینی در شوراهای شهر از سوی شورای نگهبان، نمایندگان مجلس برمصوبه خود اصرار و تصویب کردند که این مصوبه در مجمع تشخیص مصلحت نظام بررسی شود.
به گزارش خبرگزاری دولتی ایرنا، نمایندگان مجلس در جلسه روز یکشنبه ۲۴ دی، بر مصوبه سابق خود درباره طرح حضور اقلیت‌های دینی در انتخابات شوراهای شهر و روستا تاکید کردند.
نمایندگان مجلس با ۱۳۴ رای موافق، ۲۳ رای مخالف و ۱۰ رای ممتنع، از ۲۰۲ نماینده حاضر در جلسه روز یکشنبه، این مصوبه را به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارجاع دادند.
شورای نگهبان این مصوبه را رد کرده بود. براساس قوانین جمهوری اسلامی ایران، نمایندگان مجلس می‌توانند مصوبه‌های رد شده از سوی شورای نگهبان را برای تصمیم‌گیری، به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارجاع کنند.
مجلس روز۲۱ آذر در جریان رسیدگی به طرح اصلاح قانون شوراها، دو تبصره به ماده نخست این قانون افزوده بود تا به طور قانونی، ابهام در مورد امکان عضویت اقلیت‌های دینی در شوراهای اسلامی شهر و روستا را بر طرف کند.
تبصره اول این طرح، امکان نامزدی «اقلیت‌های شناخته شده در قانون اساسی» در انتخابات شوراهای اسلامی شهر و روستا را به رسمیت می‌شناسد و تبصره دوم تصریح می‌کند که این گروه‌های مذهبی «به جای اسلام باید به اصول دین خود اعتقاد و التزام داشته باشند».
اما شورای نگهبان این اصلاحیه را «خلاف شرع و قانون اساسی» اعلام کرد.
طرح نمایندگان مجلس پس از حکم دیوان عدالت اداری مبنی بر لغو عضویت سپنتا نیکنام، عضو زرتشتی شورای شهر یزد، مطرح شده بود.
به دنبال شکایت علی‌اصغر باقری، یکی از نامزدهای شکست‌خورده در انتخابات شورای شهر یزد، دیوان عدالت اداری در شهریور ماه، حکم تعلیق عضویت آقای نیکنام از شورای شهر یزد را صادر کرد.
این دیوان اعلام کرد که این حکم با استناد به نظر آیت‌الله احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان، که عضویت اقلیت‌های مذهبی در شوراهای شهر و روستا را ممنوع دانسته، صادر شده است.
دبیر شورای نگهبان روز ۲۶ فروردین در نامه‌ای با استناد به اصل چهارم قانون اساسی جمهوری اسلامی، مواد ۱۹ و ۲۱ آیین‌نامه داخلی شورای نگهبان، گفته‌های آیت‌الله خمینی در سال ۵۸ و نظریه فقهای این شورا درباره تبصره یکم ماده ۲۶ قانون شوراها، خواستار رد صلاحیت نامزدهای اقلیت‌های غیرمسلمان در مناطقی شده بود که اکثر جمعیت آنها مسلمان است.
فقهای شورای نگهبان با استناد به آیه‌ای از قرآن با عنوان «نفی سبیل»، عضویت اقلیت‌های مذهبی در شورای شهر را «غیرشرعی» می‌خوانند.
این قاعده به این معنا است که اقلیت‌های مذهبی نباید بر مسلمانان مسلط باشند و فقهای شورای نگهبان، تصمیم‌گیری یک اقلیت مذهبی در شورای شهر را «سلطه» بر مسلمانان و «غیرشرعی» می‌خوانند.
با این حال، آیت‌الله بیات زنجانی، از مراجع تقلید، مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم، و نیز علی مطهری، نایب رئیس مجلس، اعلام کرده‌اند که عضویت در شورای شهر به معنای «ولایت و استیلا» بر مردم نیست.
زرتشتیان، یهودیان و مسیحیان ایران که در قانون اساسی به رسمیت شناخته شده‌اند از داشتن سمت‌های بالای دولتی محروم هستند.
درباره اهل سنت نیز اگر چه به لحاظ قوانین، محدودیتی درباره انتصاب آنان به سمت‌هایی چون وزارت، وجود ندارد اما به گفته برخی از نمایندگان سابق مجلس، فشارهای مراجع تقلید شیعه باعث منصوب نشدن وزیر و استاندار اهل سنت در دولت حسن روحانی شد.
با این همه، در دولت حسن روحانی، شماری از اهل سنت به برخی سمت‌های مدیریتی از جمله سفیر و مدیر کل انتخاب شده‌اند.
در این میان، بهائیان، دیگر گروه دینی اقلیت در ایران هستند که جمهوری اسلامی آنها را به رسمیت نمی شناسد و حتی از حقوقی مانند تحصیل در دانشگاه و داشتن شغل‌های دولتی محرومند.