روح‌الله حسینیان، رئیس مرکز اسناد انقلاب اسلامی و از چهره‌های امنیتی جمهوری اسلامی، در یک برنامه تلویزیونی روایت جدیدی از پرونده مهدی هاشمی، برادر داماد آیت‌الله حسینعلی منتظری، مطرح کرده است که در سال ۱۳۶۶ اعدام شد.
محمد محمدی ری شهری نیک، وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی در دهه ۶۰، در کتاب خود با نام «خاطرات سیاسی»، نقطه آغاز پرونده مهدی هاشمی را کشف یک «خانه تیمی» وابسته به نهضت‌های آزادیبخش (نهادی شبیه به نیروی قدس فعلی) عنوان کرده است. مهدی هاشمی در آن دوره مسئول این نهاد بوده است. نزدیکان آیت‌الله منتظری اما می‌گویند که این خانه نیز توسط خود وزارت اطلاعات در اختیار این نهاد قرار گرفته و خانه‌ای مخفی نبوده است.
حسینیان برخلاف روایت ری‌شهری نقطه شروع پرونده مهدی هاشمی را دستور آیت‌الله روح‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی، به وزیر اطلاعات ذکر کرده است.
وی می‌گوید که اوایل تشکیل وزارت اطلاعات و سال ۶۳ به بعد محمد محمدی ری‌شهری پس از دیدار با آیت‌الله خمینی، او، غلامحسین محسنی اژه‌ای و جواد اکبریان را خواسته و گفته که روی مهدی هاشمی «کار کنید».
سال ۶۳ که حسینیان به عنوان نقطه شروع این پرونده مطرح کرده دو سال زودتر از تاریخ بازداشت مهدی هاشمی است. او سال ۶۵ بازداشت و در ششم مهر ۶۶ اعدام شد.
این تاریخ حتی پیش از پچ پچ‌های نزدیکان آیت‌الله خمینی درباره مهدی هاشمی است. آیت‌الله منتظری در خاطراتش به جلسه‌ای در اواخر زمستان سال ۱۳۶۴ اشاره می‌کند که اکبر هاشمی رفسنجانی و احمد خمینی پس از جلسه سران قوا نزد او مانده‌اند و اکبر هاشمی رفسنجانی از «حساسیت» بر روی مهدی هاشمی سخن گفته است.
حسینیان گفته که از این سخنان محمدی ری‌شهری «شوکه شده» چون در آن زمان مهدی هاشمی را به عنوان یک روحانی «انقلابی و افراطی» می‌شناخته است.
وی به گفته خودش در آن زمان معاون نماینده دادستانی در وزارت اطلاعات بود. غلامحسین محسنی اژه‌ای نیز نماینده دادستانی در وزارت اطلاعات بود. جواد علی‌اکبریان، نیز بازجوی اصلی مهدی هاشمی بود که معاون وزیر اطلاعات بود.
به گفته حسینیان، آیت‌الله خمینی بار دیگر ری‌شهری را خواسته و از او پرسیده که درباره پرونده مهدی هاشمی چه اقداماتی انجام شده و پس از این دیدار بار دیگر ری‌شهری این سه نفر را خواسته تا درباره اقدامات انجام شده توضیح دهند.
بر اساس این روایت، حسینیان در این جلسه گفته است: «هنوز موضوع برای ما حل نشده بود و به این دلیل کار جدی نکردیم».
حسینیان می گوید که پس از این سخنان ری‌شهری، پرونده را از دادگستری اصفهان درخواست کرده‌اند و پرونده به جریان افتاده است.
این سخنان حسینیان بیشتر شبیه به روایت نزدیکان آیت‌الله منتظری است که معتقدند، پرونده مهدی هاشمی با هدف حذف آیت‌الله منتظری از قائم مقامی رهبری طراحی شده و احمد خمینی در این میان نقش اصلی را داشته است.
احمد منتظری پیش از این احمد خمینی را متهم کرده بود که از سال ۵۹ برای حذف آیت‌الله منتظری برنامه‌ریزی کرده و قصد داشته که رهبر جمهوری اسلامی شود اما فوت آیت‌الله خمینی «زودتر از زمانی که او تصور می‌کرد رخ داد و برنامه‌شان پیش نرفت».
به گفته آقای منتظری، احمد خمینی در سال‌های ابتدایی پس از انقلاب ۵۷ نامه‌ای به آیت‌الله منتظری می‌نویسد و می‌گوید که «اصلاً وقتی امام زنده است شما چرا دفتر تشکیل می‌دهید؟ اصلاً شما دفتر می‌خواهید چکار؟»
در نامه مورد اشاره احمد منتظری که در سال ۵۹ نوشته شده است، احمد خمینی خطاب به آیت‌الله منتظری می‌نویسد که «به زور نمی‌شود رهبر و مرجع (تقلید) شد».
وی در این نامه به پخش اخبار دیدارهای آیت‌الله منتظری از تلویزیون و رادیو و همچنین شعارهایی که در حمایت او در مراسم رسمی داده می‌شود اعتراض می‌کند.
مهدی هاشمی در سال ۶۶ در نهایت با اتهام «محاربه» اعدام شد. یکی از اتهامات مهدی هاشمی، صدور دستور قتل آیت‌الله شمس‌آبادی و شیخ قنبر علی صفر زاده از روحانیون اصفهان در زمان شاه بود.
با این حال نزدیکان مهدی هاشمی می‌گویند که این قتل‌ها برای اجرای سخنان آیت‌الله خمینی درباره روحانیون مخالف انقلاب انجام شده بود.
پیش از قتل آیت‌الله شمس‌آبادی، آیت‌الله خمینی در سخنانی علیه روحانیونی که با حرکت او برای مبارزه با حکومت شاه همراه نبودند گفته بود: «باید جوان‌های ما عمامه‌های اینها را بردارند… چرا عمامه‌های اینها را بر نمی‌دارند؟ من نمی‌گویم بکشند، اینها قابل کشتن نیستند لکن عمامه از سرشان بردارند… لازم نیست آنها را خیلی کتک بزنند، لکن عمامه‌های‌شان را بردارند».
پرونده مهدی هاشمی یکی از زمینه‌های اولیه حذف آیت‌الله منتظری از قائم مقامی رهبری بود و هنوز هم پس از بیش از ۳۰ سال افراد دست اندرکار در این پرونده سخنان متناقضی درباره آن مطرح می‌کنند.
