سخنگوی دولت ایران با رد انتقادات مطرح شده درباره عملکرد وزارت اطلاعات در پرونده ترور محسن فخری‌زاده، گفته است که این وزارتخانه «چند ماه قبل و حتی چند روز» پیش از ترور شدن فخری‌زاده، اطلاعاتی دقیقی با ذکر جزئیات، «مکان‌های احتمالی و اهداف عملیات» به «نهادهای حفاظتی مربوطه» داده بود.
علی ربیعی که روز سه‌شنبه ۱۱ آذر در یک نشست خبری سخن می‌گفت، اشاره‌ای به نام «نهادهای حفاظتی مربوطه» نکرد ولی با توجه به سوابق فعالیت آقای فخری‌زاده در حوزه هسته‌ای، احتمالا مسئولیت حفاظت از او بر عهده سپاه پاسداران بوده است.
محسن فخری‌زاده مهابادی، چهره ارشد در برنامه هسته‌ای ایران و رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع ایران، روز هفتم آذر ماه در «منطقه آبسرد» دماوند مورد سوءقصد قرار گرفته و کشته شد.
از سال ۹۲، مقام‌های ارشد سپاه پاسداران اعلام کردند که با توجه به ترور چند دانشمند هسته‌ای در سال‌های ۸۸ تا ۹۰، حفاظت از این چهره‌ها به سپاه پاسداران واگذار شده است.
از جمله این اظهارنظرها می‌توان به مصاحبه محمدحسن کاظمی، جانشین وقت فرمانده حفاظت اطلاعات سپاه در دی ۹۲ و مصاحبه علی نصیری، فرمانده وقت حفاظت سپاه پاسداران در خرداد ۹۷ اشاره کرد که گفته بودند از زمانی که دانشمندان هسته‌ای «زیر چتر حفاظت سپاه» قرار گرفته‌اند، «دیگر شاهد ترور آن‌ها نیستیم».
آقای ربیعی همچنین گفته است احتمالا «برخی جوانب و پروتکل‌های حفاظتی با دقتی که انتظار می‌رود، رعایت نشده باشد».
سخنگوی دولت ایران همچنین گفته است آقای فخری‌زاده از سال ۱۳۸۰ «به نوعی» در مذاکرات هسته‌ای شرکت داشته است.
پیش از این، محمود واعظی، رئیس دفتر روحانی نیز با اشاره به این موضوع گفته بود که حسن روحانی، رئیس‌جمهوری ایران قبلا به خاطر نقش‌آفرینی آقای فخری‌زاده در برنامه هسته‌ای ایران به اون نشان «درجه دو خدمت» داده بود ولی به دلیل ملاحظات امنیتی این موضوع رسانه‌ای نشد.
مقام‌های سپاه پاسداران تاکنون درباره این ترور اظهارنظر نکرده‌اند و اطلاع‌رسانی درباره پیگیری پرونده نیز توسط محمود علوی، وزیر اطلاعات صورت می‌گیرد.
سخنگوی دولت ایران همچنین درباره اظهارات علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی گفته است که منظور او این بوده که چون در ۲۰ سال اخیر «به صورت دائمی» خبر ترور فخری‌زاده مطرح بوده، خبرش «عادی» شده بود.
آقای شمخانی روز دوشنبه در حاشیه مراسم تشییع محسن فخری‌زاده، از وجود یک برنامه ۲۰ ساله برای ترور این «دانشمند هسته‌ای» خبر داد و گفت سیستم‌های اطلاعاتی با دقت «احتمال وقوع حادثه» و «محل بروز احتمالی» آن را پیش‌بینی کرده بودند ولی «به دلیل تواتر اخبار در طول این ۲۰ سال متاسفانه جدیت مورد نیاز اعمال نشد».
حسین دهقان، مشاور نظامی رهبر جمهوری اسلامی، هم روز هشتم آذر با انتقاد تلویحی از دستگاه‌های امنیتی ایران گفت که علت ترور محسن فخری‌زاده «رخنه و نفوذ و شکاف» امنیتی بوده و مقامات مسئول «باید جواب دهند».
انتقادها از وضعیت و عملکرد نهادهای اطلاعاتی ایران در حالی افزایش یافته است که از حداقل ۱۶ نهاد اطلاعاتی ایران که در مجموعه «شورای هماهنگی اطلاعات» فعالیت دارند، اکثر نهادهای امنیتی و اطلاعاتی مهم، جز وزارت اطلاعات، زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی و نهادهای تحت امر او اداره می‌شوند.
مقام‌های جمهوری اسلامی در عین حال در اظهارنظرهای چند روز اخیر سازمان مجاهدین خلق و دولت اسرائیل را عامل طراحی و اجرای این ترور دانسته‌اند.
سازمان مجاهدین خلق نقش داشتن در این ترور را رد کرده است.
