سخنگوی کمیسیون آموزش مجلس ایران به نقل از محمد فرهادی، پنجمین گزینه پیشنهادی حسن روحانی برای تصدی وزارت علوم، امضای نامه‌ای توسط او خطاب به مراجع تقلید درباره «بازداشت‌های غیر قانونی و خشونت‌بار» پس از انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ را تکذیب کرد.
به گزارش خبرگزاری فارس، قاسم جعفری، سخنگوی کمیسیون آموزش مجلس، روز یک‌شنبه دوم آذر با اشاره به حضور آقای فرهادی در جلسه این کمیسیون تصریح کرد: «وزیر پیشنهادی علوم در این جلسه گفت که... من در سال ۸۸ در بحث تهیه برنامه‌های بهداشت و درمان میر حسین موسوی بودم، اما پس از آن هیچ دخالتی در امور نداشتم و هیچ نامه‌ای را امضا نکردم و نامه‌ای هم که نام من پای آن آمده بنده آن را امضا نکردم و بنده این کار را تقبیح می‌کنم.»
ساعاتی پس از قرائت نامه معرفی محمد فرهادی برای تصدی وزارت علوم در مجلس ایران، برخی از رسانه‌های نزدیک به سپاه پاسداران و بسیج دانشجویی نامه‌ای را منتشر کردند که آقای فرهادی به همراه برخی از شخصیت‌های سیاسی از جمله میرحسین موسوی، مهدی کروبی و محمد خاتمی در سال ۸۸ خطاب به مراجع تقلید نوشته بودند.
امضاکنندگان این نامه تاکید کرده بودند که بازداشت‌های پس از انتخابات ۸۸ «بدون صدور مجوزهای قانونی و همراه با برخوردهای خشونت‌بار» زیبنده نظام و کشوری نیست «که داعیه برپایی قسط و عدل دارد.»
در ادامه اظهار نظر نمایندگان مجلس درباره وزیر پیشنهادی علوم، محمد کوثری، نماینده تهران در مجلس، روز یک‌شنبه به خبرگزاری ایلنا گفت که اگر آقای فرهادی در جلسات کمیسیون‌ها و فراکسیون‌های مجلس از اعتراضات به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ «اعلام برائت» کند، مجلس به او رای اعتماد خواهد داد.
حضور در اعتراضات به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ که نمایندگان اصولگرای مجلس از آن به عنوان «فتنه» نام می‌برند از جمله دلایل مخالفت نمایندگان مجلس با گزینه‌های پیشینِ پیشنهادی برای تصدی وزارت علوم بوده‌است.
در مقابل این مواضعِ برخی از نمایندگان اصول‌گرا، علی مطهری، نماینده تهران، روز شنبه ۱ آذر در مصاحبه‌ای با خبرآنلاین گفت از جملهٔ رهبر جمهوری اسلامی درباره «خط قرمز بودن فتنه» برداشت «غلط» شده‌است.
آقای مطهری تصریح کرد: «من اساسا منطق این گروه از نمایندگان را که اگر کسی در جریان حوادث سال ۸۸ نامه‌ای در تظلم و دادخواهی و در اعتراض به رفتار بخشی از مسئولان نوشته باشد او فتنه‌گر است، مردود می‌دانم.»
وی اضافه کرد: «از نظر من چنین کسی نه تنها فتنه‌گر نیست بلکه فردی مسئول و متعهد است که در مقابل بی‌قانونی‌ها ساکت نبوده‌است. گزینه‌های قبلی یعنی آقایان میلی‌منفرد، فرجی دانا، نیلی و دانش آشتیانی نیز هیچ‌کدام فتنه‌گر نبودند و در حق آنها ظلم شد.»
سخنگوی کمیسیون آموزش مجلس، در ادامه مصاحبه روز یک‌شنبه خود گفت: «فرهادی در این جلسه اظهار داشت که من تیم خودم را دارم و از افرادی استفاده خواهم کرد که نظام، انقلاب و رهبری را قبول داشته باشند و در جهت مصالح آموزش عالی کشور حرکت کنند، از تشکل‌هایی همچون بسیج نیز برای انتصابات و به‌کارگیری افراد استفاده خواهم کرد.»
برخی انتصاب‌ها در وزارت علوم از جمله انتصاب جعفر میلی منفرد به سمت معاون این وزارتخانه از جمله دلایل استیضاح و برکناری رضا فرجی دانا، وزیر پیشین علوم، در جلسه ۲۹ مردادماه مجلس بود.
روز شنبه ۲۴ آبان جعفر میلی منفرد، معاون آموزشی، و سعید سمنانیان، مشاور وزیر و رئیس مرکز هیئت‌های امنای وزارت علوم، در نامه‌های جداگانه به محمدعلی نجفی، سرپرست این وزارتخانه، استعفای خود را اعلام کردند اما آقای نجفی استعفای آنان را نپذیرفت.
در روزهای گذشته برخی از چهره‌های مخالف گزینه‌های پیشین تصدی وزارت علوم، پیش‌بینی کرده‌اند که محمد فرهادی از مجلس رای اعتماد خواهد گرفت.
غلامرضا مصباحی مقدم، از جمله این نمایندگان است که روز یک‌شنبه احتمال داد، این بار وزیر پیشنهادی دولت بتواند از مجلس رای اعتماد بگیرد.
همزمان با ابراز امیدواری برای رای اعتماد مجلس به آقای فرهادی، روزنامه اعتماد از «جلسه شبانه» مخالفان وزیر پیشنهادی علوم در روز پنج شنبه، در یک ساختمان بیرون از مجلس خبر داده‌است.
به گزارش این روزنامه در این جلسه ۸ نماینده مجلس و «چند فعال حزبی» برای «مخالفت گسترده با گزینه پیشنهادی وزارت علوم در جلسه رای اعتماد» برنامه‌ریزی کرده‌اند.
