شورای نگهبان اطلاعیه وزارت کشور مبنی بر تهدید این شورا به ابطال انتخابات ریاست‌جمهوری در صورت ادامه رای‌گیری پس از ساعت ۲۴ روز ۲۹ اردیبهشت را تکذیب کرد و بیانیه این وزارتخانه را ناشی از «فشارهای جریان‌های سیاسی در آستانه تشکیل کابینه» دانست.
این شورا در عین حال تایید کرد که اعلام کرده، بعد از ساعت ۲۴ «اخذ رای فاقد اعتبار است».
شورای نگهبان روز پنجشنبه پنجم مرداد در اطلاعیه خود گفته است که در همه انتخابات ریاست‌جمهوری تاکید داشته که اخذ رای بعد از ساعت ۲۴ به دلیل آنکه در زمانی «فراتر از روز رای‌گیری» انجام می‌شود «فاقد اعتبار قانونی است».
بر اساس این اطلاعیه، روز ۲۹ اردیبهشت نیز شورای نگهبان در مذاکره با وزیر کشور تاکید کرده که بعد از ساعت ۲۴ «اخذ رای فاقد اعتبار است» و در این مکالمات «هرگز از ابطال انتخابات صحبتی نشده است».
وزارت کشور ایران روز چهارشنبه با انتشار اطلاعیه‌ای اعلام کرده بود که اگر رای‌گیری دوازدهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری در اردیبهشت ۹۶ پس از ساعت ۲۴ تمدید می‌شد، «شورای نگهبان کل آرا را ابطال می‌کرد».
بر اساس این اطلاعیه، استناد شورای نگهبان به ماده ۲۰ قانون انتخابات بوده که تاکید دارد، انتخابات باید «در یک روز انجام شود» و نیز ماده ۸ همین قانون که به نوشته وزارت کشور، «نظارت شورای نگهبان بر انتخابات ریاست‌جمهوری را عام و استصوابی و در همه مراحل می‌داند».
گزارش رسانه‌های ایران و شبکه‌های اجتماعی حاکی است که در روز ۲۹ اردیبهشت به دلیل «استقبال گسترده» از انتخابات ریاست‌جمهوری بسیاری از رای‌دهندگان ساعت‌ها در صف منتظر ماندند و برخی هم اواخر شب به دلیل محدودیت زمانی، نتوانستند رای خود را به صندوق بریزند.
حسن روحانی، رییس‌جمهوری ایران، نیز روز سوم خرداد با اعلام اینکه «چهار میلیون رای به صندوق ریخته نشد»، تلویحا شورای نگهبان را متهم کرده بود که مانع بالا رفتن رای او تا مرز ۲۸ میلیون شده است.
رییس‌جمهوری ایران گفته بود که شورای نگهبان ۱۲ ساعت پس از پیشنهاد هیات اجرایی انتخابات، تازه پذیرفت که برای تسریع در روند رای‌گیری، تنها شماره ملی رای‌دهندگان ثبت شود.
سخنگوی شورای نگهبان اما ضمن رد این سخنان اعلام کرده بود که وزارت کشور عصر روز انتخابات این تقاضا را مطرح کرده بود.
عباسعلی کدخدایی همچنین از مقامات وزارت کشور خواسته بود که «به جای این گزارش»، به رییس‌جمهوری «توضیح می‌دادند چرا بسیاری از حوزه‌ها با تاخیر زیاد شروع به کار کردند و یا چرا دستگاه‌ها مرتب دچار نقص فنی می‌شدند؟ و تاثیر آن در اخذ آرا تا چه میزان بوده است؟»
در همین حال، شورای نگهبان در اطلاعیه روز پنجشنبه خود اعلام کرد که وزارت کشور بیش از مطرح کردن موضوع اخذ رای بعد از ساعت ۲۴ باید «به بررسی مشکل فنی در سامانه احراز هویت و علل تاخیر در آغاز رای‌گیری در بسیاری از شعب اخذ رای بپردازد».
این شورا همچنین این‌گونه تحلیل کرده که بیانیه روز چهارشنبه وزارت کشور ناشی از«فشارهای جریان‌های سیاسی در آستانه تشکیل کابینه» است.
در اطلاعیه شورای نگهبان همچنین از وزیر کشور خواسته شده که «در برابر فشارهای جناح‌های سیاسی، برخوردی همراه با تدبیر» داشته باشد و «در مواجهه با این فشارها، با رویکرد فرار از مسئولیت، دیگر نهادهای ... جمهوری اسلامی از جمله شورای نگهبان را متهم » نسازد.
برخی از اصلاح‌طلبان با اشاره به عملکرد عبدالرضا رحمانی‌فضلی در موضوع انتصاب استانداران و فرمانداران، برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری و ابطال آرای مینو خالقی خواستار معرفی وزیر دیگری به جای او شده‌اند.
