وزارت کشور ایران با انتشار اطلاعیه‌ای اعلام کرد که اگر رای‌گیری دوازدهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری در اردیبهشت ۹۶ پس از ساعت ۲۴ تمدید می‌شد، «شورای نگهبان کل آرا را ابطال می‌کرد».
وزارت کشور در این اطلاعیه که روز چهارشنبه چهارم مرداد منتشر شده، آورده است که شورای نگهبان در روز برگزاری انتخابات، بر مبنای دو ماده قانونی اعلام کرده بود «در صورت تمدید زمان اخذ رای تا روز آینده (بامداد۳۰ اردیبهشت ۱۳۹۶) ناظرین خود را از شعب فرا می‌خواند و اقدام به ابطال کل آرا و یا آرایی که پس از ساعت ۲۴ اخذ گردیده است، می‌نماید».
بر اساس این اطلاعیه، استناد شورای نگهبان به ماده ۲۰ قانون انتخابات بوده که تاکید دارد، انتخابات باید «در یک روز انجام شود» و نیز ماده ۸ همین قانون که به نوشته وزارت کشور، «نظارت شورای نگهبان بر انتخابات ریاست‌جمهوری را عام و استصوابی و در همه مراحل می‌داند».
ماده هشت و ۲۰ قانون انتخابات رياست جمهوري اسلامي ايران
ماده ۸_ نظارت بر انتخابات رياست جمهوری به عهده شوراي نگهبان می‌باشد. اين نظارت عام و در تمام مراحل و در كليه امور مربوط به انتخابات جاری است.
ماده ۲۰_ اخذ رأی در داخل و خارج كشور در يك روز انجام می‌شود و مدت آن ده ساعت است و در صورت ضرورت قابل تمديد می‌باشد.
تبصره ۱_ تشخيص ضرورت و مدت تمديد اخذ رأی در سراسر كشور به عهده وزير كشور است.
تبصره ۲_ اخذ رأی بايد در روز جمعه انجام گيرد.
این نخستین بار است که وزارت کشور از احتمال ابطال آرا توسط شورای نگهبان خبر می‌دهد.
در اطلاعیه وزارت کشور آمده است که این بیانیه در پاسخ به یادداشت رسول منتجب‌نیا، قائم مقام دبیرکل حزب اعتماد ملی، نوشته شده است.
رسول منتجب‌نیا، در یادداشتی که در تحلیل عملکرد وزیران دولت یازدهم، در سایت «تیتر اول» منتشر کرده است، انتخاب عبدالرضا رحمانی فضلی به عنوان وزیر کشور دولت حسن روحانی را «اشتباه رییس‌جمهوری» توصیف کرده و نوشته است: «با برگزاری پر اشکال انتخابات، کاری کردند تا نزدیک به چهار میلیون از آنهایی که قرار بود اسم روحانی را روی برگه‌های انتخاباتی بنویسند، پشت درهای بسته ماندند».
آقای منتجب‌نیا این اقدام را «ضربه آخر رحمانی فضلی و تیمش به روحانی» خوانده بود.
در پاسخ به این انتقادات، وزارت کشور ایران در اطلاعیه خود آورده است که انتخابات ۲۹ اردیبهشت ۹۶ «بالاترین میزان مشارکت در ۳۱ دوره انتخابات برگزار شده» در نظام جمهوری اسلامی ایران را با «مشارکت قریب به ۴۲ میلیون نفر» داشته است.
به جز رسول منتجب‌نیا، ابراهیم رئیسی، کاندیدای اصولگرایان در دوازدهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری نیز در مورد به پایان رسیدن تعرفه‌های رای‌گیری در برخی شعب و نیز تمدید نشدن مهلت رای‌گیری اعتراض کرده بود.
اما شش روز پس از برگزاری انتخابات، احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان سلامت انتخابات ۲۹ اردیبهشت را تایید کرد، اما گفت که تخلفات «بسیاری» نیز در این انتخابات صورت گرفت.
دبیر شورای نگهبان تصریح کرد: «کسانی که در این قضایا تخلفات بزرگ کردند از گناهان‌شان توبه کنند زیرا حق‌الناس گریبان‌شان را می‌گیرد».
ابراهیم رئیسی روز هفتم خرداد در یک سخنرانی در مشهد، دولت حسن روحانی را به انجام «تخلفات مهندسی‌شده» در انتخابات متهم کرد و گفت که رسیدگی نکردن شورای نگهبان به این «تخلفات» به «اعتماد مردم آسیب» می‌زند.