مرتضی بانک، معاون کل سرپرست نهاد ریاست‌جمهوری ایران، می‌گوید دولت حسن روحانی برای دریافت مالیات «بر ارزش افزوده» از نهادهای زیر نظر رهبری برنامه دارد و دولت در این رابطه از آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر ایران، نیز کسب نظر کرده است.
آقای بانک در گفت‌وگویی تفضیلی با خبرگزاری کار ایران (ایلنا) می‌گوید که هنوز از این که دولت با نهادی نظیری آستان قدس رضوی رای‌زنی کرده است یا خیر، اطلاعی ندارد. با این حال در ادامه تاکید می‌کند که اخذ مالیات از نهادهای مختلف، از جمله آستان قدس رضوی، جزء برنامه‌های دولت است و مشکلی هم برای اخد مالیات از این نهادها وجود ندارند.
پیش‌تر علی عسگری، رئیس پیشین سازمان امور مالیاتی، گفته بود که در قانون مالیات‌های مستقیم، برخی نهادهای فعال زیر نظر رهبر ایران، از مالیات بر عملکرد معاف‌اند.
مرتضی بانک می‌گوید که رهبر ایران نهادهایی نظیر آستان قدس یا تولیت حضرت معصومه را از مالیات بر عملکرد معاف کرده، اما از مالیات بر ارزش افزوده معاف نکرده و از وی کسب نظر شده و آیت الله خامنه‌ای نیز گفته است که تمامی نهادهای اقتصادی که زیر نظر آستانین کار می‌کنند، مشمول قانون‌اند و باید مالیات بر ارزش افزوده بدهند.
گفتنی است که این مالیات، مالیات بر ارزش افزوده است و مالیات بر عملکرد نیست. به این معنی که این نهادها باید مالیات هر کالایی که خریداری می‌کنند را بپردازند و بر سودی که کسب می‌کنند مالیات نمی‌دهند.
پیش‌تر در ۲۵ بهمن ماه سال ۱۳۹۴، محمدباقر نوبخت، رئیس سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی و سخنگوی حسن روحانی، گفته بود که دولت باید از بنیادها و قرارگاه‌ها مالیات دریافت کند و منع قانونی در این زمینه وجود ندارد.
وی همچنین گفته بود که دولت حسن روحانی از امسال این کار را آغاز خواهد کرد.
علی‌رغم خبر دریافت مالیات بر ارزش افزوده از این نهادها، در بودجه سال ۹۵، سهم بنیادهای اقتصادی از محل افزایش سهم درآمدهای مالیاتی کمتر از یک درصد برآورد شده است.
آستان قدس رضوی در شهر مشهد، زیر نظر متولی حرم و موقوفات علی بن موسی‌الرضا اداره می‌شود. این آستان شامل مجموعه حرم، دستگاه‌ها، نهادها، ادارات فرهنگی، صنعتی، کشاورزی و درمانی است.
در آذر سال ۱۳۹۳، مجلس شورای اسلامی در طرحی خواستار لغو معافیت مالیاتی بنیادهای خاص شده بود.
با این حال نمایندگان در این طرح عنوان کرده بودند که نهادهایی مانند آستان قدس رضوی، بنگاه‌های اقتصادی زیرمجموعه نیروهای مسلح، ستاد اجرایی فرمان امام و بنیاد مستضعفان می‌توانند «مشروط به اذن ولی‌فقیه» مالیات بر عملکرد پرداخت کنند. مسئله‌ای که برای تامین نظر شورای نگهبان در طرح نمایندگان ذکر شده بود.
احمد توکلی، نماینده پیشین مجلس، در آن زمان گفته بود که کلیه شرکت‌های تولیدی باید ۲۵ درصد از سود سالانه خود را به شکل مالیات پرداخت کنند، اما شرکت تولید فرش رضوی یا داروسازی ثامن یا شهاب خودرو و صنایع غذایی رضوی (همگی از زیر مجموعه‌های آستان قدس) این مالیات را پرداخت نکرده و محصولات خود را پایین‌تر از قیمت رقیب عرضه می‌کنند.
علی طیب‌نیا، وزیر اقتصاد، نیز در انتهای دی‌ماه، از لغو معافیت مالی تمامی بنیادها و قرارگاه‌های وابسته به نهادهای نظامی ایران خبر داده بود. وی گفته بود که بنا بر برنامه ششم توسعه، همه فعالیت‌های اقتصادی بنیادها و قرارگاه‌ها مشمول مالیات‌اند.
کامل تقوی‌نژاد، رئیس سازمان امور مالیاتی در هجدهم خردادماه و در گفت‌وگوی ویژه خبری شبکه دو سیما گفته بود که مجموع درآمد مالیاتی ایران ۹۰ هزار میلیارد تومان است و حدود ۳۰ درصد از اقتصاد ایران از پرداخت مالیات معاف‌اند. وی اعلام کرد که به جز کارمندان دولتی، در امور فرار مالیاتی وجود دارد.
علی عسگری که پیش از آقای تقوی نژاد در سمت ریاست سازمان مالیاتی ایران بود نیز در آذر سال ۹۴ و در گفت‌وگو با هفته نامه «تجارت فردا» گفته بود که ۶۰ درصد از اقتصاد ایران مالیات پرداخت نمی‌کند.
الهام امین‌زاده، معاوت حقوقی حسن روحانی نیز در بهمن‌ماه سال گذشته در شهر مشهد گفته بود که تنها تولیدکنندگان شناسنامه‌دار و حقوق‌بگیران دولتی مالیات پرداخت می‌کنند.
«اصلاح نظام درآمدی دولت با افزایش سهم درآمدهای مالیاتی» یکی از محورهای طرح اقتصاد مقاومتی آیت‌الله خامنه‌ای است. طرحی که به منظور کاهش وابستگی ایران به کشورهای دیگر در دو سال اخیر به اجرا گذاشته شده است.