ابراهیم یزدی، دبیرکل نهضت آزادی ایران، روز جمعه، ۲۸ آذر، در نامه‌ای با طرح سه پرسش از محمود علوی، وزیر اطلاعات، خواستار توضیح درباره اقدامات این وزارتخانه برای رفع حصر سران معترضان به انتخابات سال ۸۸، آزادی زندانیانِ عضو احزاب سیاسی و فعالیت دوباره احزاب اصلاح‌طلب شد.
به گزارش وب‌سایت «ندای آزادی» که اخبار مربوط به حزب نهضت آزادی ایران را منتشر می‌کند، آقای یزدی در نامه خود همچنین از آقای علوی پرسیده است که آیا در این وزارتخانه واحدی برای شکایت از ماموران «متخلف» وجود دارد یا برای شکایت از آنان باید به دیگر «مراجع قانونی» کشور مراجعه کرد.
ابراهیم یزدی با اشاره به انتشار مطلبی در وب‌سایت وزارت اطلاعات در تاریخ ۲۸ خرداد سال ۹۱، از وزیر اطلاعات سوال کرده است که اگر وزارت اطلاعات، تحت مدیریت او، تحلیل‌های دولت سابق درباره اپوزیسیون ایران را قبول ندارد، «چه تغییراتی در این نگرش و رفتارهای مبتنی بر آن داده شده و نشانه‌های آن چیست؟»
وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی در مطلبی با عنوان «جریان‌شناسی گروه‌های معاند و اپوزیسیون» در تعریف فعالیت‌های اپوزیسیون اعلام کرده است: «هر نوع اقدامی که در جهت براندازی نظام حاکم پی‌ریزی شود، خواه این فعالیت یک اطلاعیه، یک سخنرانی یا یک مصاحبه باشد، خواه یک اقدام ترور یا بمب‌گذاری یا اقدام براندازانه، همه این اقدامات به عنوان فعالیت علیه نظام حاکم تلقی خواهد شد.»
دبیرکل نهضت آزادی ایران در نامه خود خطاب به وزیر اطلاعات نوشت: «آیا در زمان وزارت شما هم احزاب و گروه‌های اصلاح‌طلب، از جمله نهضت آزادی ایران، که از سال ۱۳۸۸ برخلاف قانون، با دستور و تهدید وزارت اطلاعات، فعالیتش متوقف شده است، باید همچنان از حقوق قانونی‌شان محروم باشند؟»
پس از انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸، از فعالیت حزب جبهه مشارکت، سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی و اعتماد ملی جلوگیری شد و برخی از مقامات حکومت جمهوری اسلامی این احزاب را «غیرقانونی» اعلام کردند.
بر اساس گزارش‌ها، حزب اعتماد ملی بخش‌هایی از فعالیت خود را از سر گرفته است.
پس از این انتخابات همچنین تعداد زیادی از اعضای حزب نهضت آزادی ایران، از جمله ابراهیم یزدی، دبیرکل آن، بارها بازداشت و روانه زندان شده‌اند.
ابراهیم یزدی در ادامه نامه خود نوشت: «ثانیاً در خصوص زندانیان عضو احزاب سیاسی که صرفاً به خاطر اظهار نظر قانونی در زندان به سر می‌برند و رفع حصر نامزدهای انتخابات سال ۸۸ چه اقدامی صورت گرفته است؟»
در پایان این نامه آمده است: «ثالثاً در مورد کارگزاران و مأموران وزرات اطلاعات که در رفتارهای‌شان مرتکب تخلفات متعدد شده‌اند، آیا در نهاد تحت مدیریت شما واحدی برای رسیدگی به شکایات از مأموران خاطی این نهاد وجود دارد یا باید به مراجع قانونی در نهادهای دیگر مراجعه کرد؟»
تاکنون درخواست‌های زیادی از حسن روحانی، رئیس جمهور، و مقامات دولتی برای رفع حصر میرحسین موسوی، مهدی کروبی و زهرا رهنورد که از بهمن‌ماه سال ۸۹ در حصر به سر می‌برند مطرح شده، اما در حال حاضر هیچ یک از آنها پاسخی نگرفته است.
در همین زمینه مصطفی پورمحمدی، وزير دادگستری، روز سه‌شنبه، ۲۵ آذر، گفته بود که شورای امنيت ملی ایران نهاد تصميم‌گيری در این باره است و دولت و قوه قضائيه «به تنهايی نمی‌توانند برای حل اين موضوع پيگيری کنند».
دبیرکل نهضت آزادی ایران پیش از طرح سوال‌های خود از وزیر اطلاعات در مقدمه‌ای نوشته است که برخلاف تحلیل منتشر شده در وب‌سایت وزارت اطلاعات، هر فرد، گروه، حزب، دسته، جمعیت، فکر یا مرام که مخالف یا منتقد نظام حاکم باشد، لزوماً دشمن نظام و برانداز نیست.
وی با تقسیم‌بندی اپوزیسیون به «دو نوع» افزود: «نوع اول اپوزیسیونی که نظام جمهوری اسلامی را قبول ندارد، اما با براندازی مخالف است.»
ابراهیم یزدی با نام بردن از «نوع دیگرِ» اپوزیسیون با عنوان «مخالف وفادار» نوشت که این اپوزیسیون به نظام جمهوری اسلامی وفادار است، اما «حق تغییر حاکمان را، که قانون اساسی به رسمیت شناخته است، حق غیر قابل انکار ملت می‌داند».
وی با بیان این که تلاش برای تغییر حاکمان به معنای تغییر نظام نیست افزود: «بزرگ‌ترین فاجعه برای هر نظام هنگامی رخ می‌دهد که حاکمان صاحب قدرت خودشان را معادل نظام بدانند، جابه‌جایی صاحبان قدرت از راه‌های به رسمیت شناخته شده در قانون اساسی را براندازی آرام، خاموش، قانونی تلقی کنند و از ابزارهای قدرت برای سرکوب مخالفان‌شان بهره گیرند.»
دبیرکل نهضت آزادی در بخش دیگری از نامه خود با اشاره به دعوت رهبر جمهوری اسلامی برای رای دادن کسانی که به گفته او نظام جمهوری اسلامی را قبول ندارند افزود: «بنابراین همه افراد و احزاب و گروه‌هایی که مخالف نظام هستند از نوع برانداز نیستند.»
آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، روز چهارشنبه، ۲۲ خرداد ۹۲، گفته بود: «ممكن است كسی به دلیلی نخواهد از نظام اسلامی حمایت كند، اما از كشورش كه می‌خواهد حمایت كند. همه باید بیایند.»
ابراهیم یزدی پس از ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸ چندین بار بازداشت و در نهایت در ۲۹ اسفندماه ۱۳۸۹ به دلیل وضعیت نامناسب جسمی به قید وثیقه آزاد شد.
دادگاه انقلاب اسلامی ایران در ۲۰ آذرماه ۹۱ وی را به هشت سال زندان و پنج سال محرومیت از حقوق اجتماعی محکوم کرد.