علی خمینی نوه آیت‌الله خمینی در دفاع از اعدام اعضای گروه سازمان مجاهدین خلق در دهه ۶۰، این گروه را به ترور «بزرگان کشور» متهم کرد و گفت که اگر رهبر سابق جمهوری اسلامی «در مقابل این جنایات نرمش از خود نشان می‌داد، کشور... رنگ آرامش به خود نمی‌دید».
به گزارش خبرگزاری فارس علی خمینی شامگاه سه شنبه ۱۱ خرداد در مدرسه فیضیه قم گفت: «امروز یک عده‌ای برای منافقین دل می سوزانند که چرا اعدام کردید؟ آن‌ها کسانی بودند که در مقابل حکومت ایستادند و جنایاتی کردند که داعش آن‌ها را نمی‌کرد».
کوچکترین فرزند احمد خمینی افزود: «آنان رییس‌جمهوری، نخست‌وزیر و بسیاری از بزرگان کشور را ترور کردند؛ اگر بنا بود که امام خمینی همواره در مقابل این جنایات نرمش از خود نشان می‌داد که کشور پس از ۳۰ سال هم رنگ آرامش به خود نمی‌دید».
علی خمینی همچنین گفت که آیت‌الله خمینی در سال‌های ابتدایی انقلاب «غائله‌هایی» را در غرب، جنوب، شرق و حتی شمال کشور «مدیریت کرد و کشور رفته رفته به آرامش رسید».
مقام‌ها و رسانه‌های جمهوری اسلامی از عبارت «منافقین» برای معرفی سازمان مجاهدین خلق و یا دیگر گروه‌ها و افرادی که در سال‌های ابتدایی انقلاب اسلامی مخالف حکومت جمهوری اسلامی بودند استفاده می‌کنند.
گفته‌های نوه آیت‌الله خمینی در حالی بیان شده است که مقام‌های جمهوری اسلامی در سال‌های اخیر کمتر درباره اعدام‌های مخالفان خود در دهه ۶۰ و به خصوص اعدام دسته جمعی زندانیان در تابستان سال ۶۷ سخن گفته‌اند.
در همین حال سازمان عفو بین‌الملل در سال ۹۲ در گزارشی اعلام کرده بود که جمهوری اسلامی تلاش می‌کند اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی در سال ۶۷ را «از حافظه‌ها پاک کند».
اکثر زندانیان اعدام شده در آن سال را اعضای گروه‌هایی مانند سازمان مجاهدین خلق ایران، حزب توده ، فدائیان و دیگر گروه‌های چپگرا تشکیل می‌دادند که پیش از آن محاکمه شده و در حال گذراندن دوران زندان خود بودند.
به گفته آیت‌الله حسینعلی منتظری، قائم مقام وقت رهبر جمهوری اسلامی، آیت‌الله روح‌الله خمینی شخصا دستور اعدام «کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند» صادر کرد.
بسیاری از آن اعدام شدگان در گورستان خاوران، به شکل گمنام و در قبرهای دسته جمعی به خاک سپرده شدند.
نام و تعداد دقیق اعدام‌شدگان در آن سال هنوز کاملاً مشخص نیست. گزارشگر ويژه حقوق بشر سازمان ملل متحد تعداد این زندانيان سياسی اعدام شده را دستکم ۱۸۷۹ نفر اعلام کرده است.
اما آيت‌الله منتظری در خاطرات‌اش اين رقم را بین ۲۸۰۰ يا ۳۸۰۰ نفر اعلام کرده است، با تأکید بر اینکه رقم دقیق را به خاطر ندارد.
مقامات جمهوری اسلامی گروه مجاهدین خلق را به ترور تعدادی از مقامات بلندپایه جمهوری اسلامی و نیروهای نظامی و امنیتی متهم کرده‌اند.
از جمله انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی در هفتم تیر سال ۶۰ و انفجار در دفتر نخست‌وزیری در هشتم شهریور همان سال به گروه سازمان مجاهدین خلق منتسب شده اما گزارش‌های متناقضی درباره نقش این گروه در این انفجارها منتشر شده است.