برای بیشتر دولت‌های پس از انقلاب اسلامی، این اصل محل مناقشه و چالش بوده است؛ از محمد علی رجایی که خود را «فرزند مجلس» می‌خواند تا محمود احمدی‌نژاد که مجلس را در رأس امور نمی‌داند. از میان روسای جمهور ایران اما تنها احمدی‌نژاد به صراحت درباره اختیارات رئیس مجلس برای لغو مصوبات دولت در اصل ۱۳۸ قانون اساسی تشکیک کرده و اعتراض خود را به فضای عمومی کشیده است.
اولین بار در تاریخ بیست و چهارم اسفند ۱۳۵۹ علی محمد رجایی در مقام نخست وزیر «آئین‌نامه استخدام پلیس قضائی» را به شورای نگهبان فرستاد و با اشاره به ایراد رئیس جمهور وقت به «تصویب نامه هیات وزیران» خواستار تفسیر شورای نگهبان درباره اصل ۱۳۸ قانون اساسی شد.
پس از آن مهدی کروبی، علی اکبر ناطق نوری و غلامعلی حداد عادل در کسوت ریاست مجلس و محمد خاتمی در قامت رئیس جمهور به فراخور حال خواستار تفسیر این اصل قانون اساسی شده‌اند و شورای نگهبان تاکنون ۷ بار این اصل را تفسیر کرده است.
اصل ۱۳۸ قانون اساسی به هیئت وزیران و هر یک از وزرا اجازه داده که برای انجام وظایف اداری، تأمین اجرای قوانین و تنظیم سازمان‌های اداری به وضع تصویب نامه و آئین نامه بپردازند با این شرط که مفاد این مقررات با متن و روح قوانین مخالف نباشد. براساس این اصل دولت اجازه دارد «تصویب برخی از امور مربوط به وظایف خود را به کمیسیون‌های متشکل از چند وزیر واگذار کند.»
تا اینجای کار احمدی‌نژاد مشکلی ندارد اما وقتی نوبت اجرای بند آخر برسد اعتراض او آغاز می‌شود. براساس این بخش «تصویب نامه‌ها و آئین نامه‌های دولت و مصوبات کمیسیون‌های مذکور در این اصل، ضمن ابلاغ برای اجرا به اطلاع رئیس مجلس شورای اسلامی می‌رسد، تا در صورتی که آن‌ها را بر خلاف قوانین بیابد با ذکر دلیل برای تجدید نظر به هیات وزیران بفرستد.»
احمدی‌نژاد این اصل را به معنای اختیار رئیس مجلس برای لغو مصوبات نمی‌داند و در نامه‌نگاری‌ها و سخنرانی‌های خود به تفسیرهای انجام شده از این اصل اعتراض کرده است. او آخرین بار در دوازدهم آذر ماه سال جاری و در همایش «قوه مجریه در حقوق اساسی جمهوری اسلامی» گفت: «اخیراً که اشاره کردند با تفسیری از اصل ۱۳۸ رئیس مجلس بر کل قوه مجریه و بالا‌تر بر رئیس جمهور حاکم شده است و بخشنامه رئیس‌جمهور را نقض می‌کند. می‌تواند یا نمی‌تواند؟ این‌ها بحث‌های علمی است. فردا نگویند که آقا شورای نگهبان تصویب کرده و تو چرا حرف زدی و دیگر بی‌دین شده‌ای!»
او پیش از اینکه این حرف‌ها را به سخنرانی بکشاند در تامین نظر شورای نگهبان ناکام مانده بود. دربیستم خرداد سال ۹۱ پس از نامه نگاری احمدی‌نژاد به محمود هاشمی شاهرودی به عنوان «رئیس هیئت عالی حل اختلاف» شورای نگهبان بار دیگر اصل ۱۳۸ قانون اساسی را تفسیر و اعلام کرد که «هیئت وزیران پس از اعلام نظر رئیس مجلس شورای اسلامی مکلف به تجدیدنظر و اصلاح مصوبه خویش است؛ در غیر این صورت پس از گذشت مهلت مقرر قانونی، مصوبه مورد ایراد ملغی‌الاثر خواهد شد.»
پیش از این اعلام نظر احمدی‌نژاد در ۱۲ اردیبهشت ۱۳۹۱طی بخشنامه‌ای به دستگاه‌های اجرایی اعلام کرده بود که «هیچ یک از اصول قانون اساسی اختیار لغو مصوبات دولت را صراحتاً و یا تلویحاً به رییس مجلس و حتی مجلس شورای اسلامی اعطا نکرده است». او مکاتبات لاریجانی برای لغو مصوبات دولت را بر خلاف نص صریح قانون اساسی و فاقد وجاهت حقوقی ذکر کرده و نتیجه گرفته بود که این «مکاتبات نمی‌تواند مناط عمل باشد.»
حتی تفسیر شورای نگهبان هم پایانی بر اختلاف دولت و مجلس بر سر اصل ۱۳۸ قانون اساسی نبود و هر از چند گاهی نامه جدیدی از علی لاریجانی به احمدی‌نژاد برای غیرقانونی اعلام کردن مصوبات دولت منتشر می‌شود. نامه‌هایی که دولت و مجلس در باره عاقبت آن‌ها گزارشی نداده‌اند و مشخص نیست به چه تعداد از آن‌ها عمل شده است.
نامه آخر لاریجانی اما شاید برای اصولگرایانی که رقابتهای انتخابات ریاست جمهوری آینده را دنبال می‌کنند حیاتی‌تر باشد. موضوع استخدام در سال آخر ریاست جمهوری در هر دولتی که باشد مناقشه برانگیز است تا آنجا که یکی از اولین اقدامات دولت احمدی‌نژاد لغو مصوبه دولت خاتمی برای قانونی بودن انتقال کارکنان دولت به بنیاد باران بود.
استخدام هزار و ۵۰۰ نفر آن هم در شرایطی که همه اقدامات دولت توسط مخالفان به تلاش برای انتخابات ریاست جمهوری تعبیر می‌شود طبیعی است که اصولگرایان منتقد دولت را نگران کند، خصوصا وقتی اختیار این استخدام‌ها به حمید بقایی، معاون اجرایی احمدی‌نژاد سپرده شده باشد. فردی که اصولگرایان منتقد دولت از او به عنوان «یکی از افراد موثر جریان انحرافی» نام می‌برند. قائم مقام اسفندیار رحیم مشایی در سازمان میراث فرهنگی و رئیس پیشین این سازمان. فردی که زمزمه دستگیریش پس از بازداشت نزدیکان مشایی درسایتهای اصولگرا منتشر شد.
اعضای هیئت رئیسه مجلس این روز‌ها در مصاحبه‌های خود توصیه می‌کنند که دولت به نظر مجلس برای لغو مصوبه خود عمل کند، اما اگر دولت به نامه رئیس مجلس اعتنا نکرد چاره کار چیست. رجوع به دیوان عدالت اداری برای لغو مصوبه دولت و استیضاح وزرای مرتبط با این مصوبه از جمله راهکارهای مجلس برای توقف استخدام‌ها است. نمایندگان پیگیر برکناری سعید مرتضوی از ریاست سازمان تامین اجتماعی اما این گزینه‌ها را آزموده و هنوز راه به جایی نبرده‌اند.
راه سؤال از رئیس جمهور هم فعلاً بسته است و حتی در صورت موفقیت باعث توقف مصوبه دولت نخواهد شد. نمایندگان پیگیر این ماجرا خوب می‌دانند که وارد شدن به درگیریهای حقوقی با دولت هم با توجه به فرسایشی شدن ماجرا نظر آنان را تامین نمی‌کند و در نهایت دولت راه خود را پی می‌گیرد.
علی لاریجانی و نمایندگان مجلس به جز امیدواری برای پذیرش نظر مجلس گزینه دیگری نیز پیش رو دارند. گزینه‌ای که در قبال برخی از رفتارهای پیشین دولت به آن تن داده‌اند. باور به این سخن احمدی‌نژاد که به مخالفانش گفته بود مجبورند در این مدت باقیمانده او را تحمل کنند.