ابراهیم رئیسی، نامزد انتخابات ریاست جمهوری، دولت حسن روحانی را متهم به انجام «تخلفات مهندسی‌شده» در انتخابات کرد و گفت که رسیدگی نکردن شورای نگهبان به این «تخلفات» به «اعتماد مردم آسیب» می زند.
آقای رئیسی روز یکشنبه هفتم خرداد، در یک سخنرانی در مشهد، اتفاقات انتخابات ریاست جمهوری ۹۶ را «بی‌سابقه» خواند و گفت که «تخلفات مهندسی‌شده در انتخابات زیاد بود».
او مدعی شد که «تمام امکانات وزارتخانه‌ها و استانداری‌ها و بهداری‌ها و... ستاد انتخاباتی کاندیدای دولت شد».
این نامزد انتخابات ریاست‌جمهوری ۹۶ همچنین اعلام کرد که «دولتی که نمی‌تواند به قانون عمل کند، نباید وارد انتخابات نشود».
آقای رئیسی همچنین از «واریز یارانه افرادی که یارانه آنها قطع شده بود»، «واریز بدهی چندین ساله کشاورزان در شب انتخابات»، «تهمت زدن روزنامه ایران به رقبا» و «نامزد شدن معاون اول رئیس‌جمهور برای دفاع از دولت»، به عنوان موارد به گفته او «استفاده از امکانات دولتی در انتخابات» نام برد.
در مقابل چنین اتهام‌هایی، پیشتر حسن روحانی نهادهای زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی از جمله سپاه پاسداران، آستان قدس رضوی، صداوسیما و قوه قضائیه را به دخالت در انتخابات به نفع آقای رئیسی متهم کرده است.
آقای رئیسی روز یکشنبه همچنین گفت که در حوزه‌هایی که او رأی بیشتری داشته، افراد «باید ساعت‌ها پشت در صندوق‌ها معطل» می‌ماندند و نتوانستند رأی بدهند.
هواداران آقای رئیسی از روز جمعه ۲۹ اردیبهشت، مدام وزارت کشور را متهم کرده‌اند که با برخی اقدامات از جمله ارسال نکردن تعرفه رأی به صندوق‌هایی که امکان رأی آوردن این نامزد انتخابات در آن بیشتر بود قصد تأثیرگذاری بر انتخابات را داشته است.
مقام‌های وزارت کشور اما اعلام کردند که به حوزه‌هایی که کمبود تعرفه داشتند تعرفه لازم ارسال شده است.
این در حالی است که حسن روحانی نیز تلویحاً شورای نگهبان را متهم کرده که با موافقت دیرهنگام با ثبت شماره ملی به جای نام و نام خانوادگی، مانع بالا رفتن رأی او تا مرز ۲۸ میلیون شده است.
در واکنش به این اظهارات، سخنگوی شورای نگهبان کوتاهی را متوجه وزارت کشور دانسته و گفته که در این باره به حسن روحانی «گزارش غلط» داده‌اند.
ابراهیم رئیسی و رئیس ستاد او اعلام کرده‌اند که مستندات «تخلف» مورد ادعای خود را به شورای نگهبان و دادستانی کل کشور ارسال کرده‌اند، اما تاکنون جزئیات موارد ادعایی خود را منتشر نکرده‌اند.
پیشتر روزنامه کیهان در شماره روز پنج‌شنبه چهارم خرداد خود، در گزارشی از مواردی چون «بستن دستبندهای سبز و بنفش» توسط دست‌اندرکاران انتخابات به عنوان «تخلف انتخاباتی» نام برده بود.
این روزنامه نوشته بود که در برخی شعب شهرهایی که آرای ابراهیم رئیسی «بر سایر نامزدها فزونی داشت نیز تعرفه‌های بدون مهر توزیع شده بود که در ادامه به خاطر نداشتن مهر قابل ابطال بودند».
روزنامه کیهان همچنین مدعی شده بود که ستادهای حسن روحانی در روز انتخابات باز بوده و «اقدام به پخش سرود کرده و هواداران در مقابل آن تجمع» کرده بودند.
بر اساس اعلام عباسعلی کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان، این شورا روز سه‌شنبه نهم خرداد، در مورد انتخاباتِ ۲۹ اردیبهشت ماه اعلام نظر می‌کند.
به گفته آقای کدخدایی، در جلسه روز یکشنبه این شورا گزارش‌هایی تعدادی از کارشناسان این شورا درباره انتخابات ارائه شده و قرار شده دیگر گزارش‌ها، در روز سه‌شنبه بررسی شود.
احمد جنتی دبیر شورای نگهبان، روز چهارشنبه سوم خرداد، گفته بود که «سلامت انتخابات» را تأیید می‌کند، اما «تخلفات بسیاری» هم در انتخابات اتفاق افتاده است.
او همچنین از کسانی که به گفته او در انتخابات «تخلفات بزرگ» کردند، خواسته بود که «توبه کنند».
از سوی دیگر محمدعلی موحدی کرمانی، دبیرکل جامعه روحانیت مبارز، روز پنج‌شنبه رای ابراهیم رئیسی را «حلال» خوانده و خبر داده که درباره «تخلف‌های» انتخاباتی نشستی با دبیر شورای نگهبان داشته است.
مشابه همین اظهارات در سخنان خطیبان جمعه چندین شهر ایران هم بازتاب داد و به اعتراض شدید وزارن کشور ایران انجامید.
سخنان برخی شخصیت‌های اصولگرا و نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی درباره «تخلف» در انتخابات ریاست جمهوری سال ۹۶ در حالی مطرح می‌شود که آنان از اعتراض‌ها به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ با عنوان «فتنه» نام می‌برند.
در جریان سرکوب اعتراض‌ها به نتیجه انتخابات سال ۸۸، ده‌ها تن از معترضان کشته شدند و هزاران نفر نیز در طول مدت چند ماه بازداشت شدند که صدها نفر از آنان در دادگاه‌هایی دسته‌جمعی به تحمل زندان‌های طولانی مدت محکوم شدند.