علی مطهری در واکنش به محدودیت‌هایی که دستگاه‌ها و شخصیت‌های حکومتی به طور خاص در استان خراستان رضوی اعمال می‌کنند، اظهار داشت دانشجویان نباید اجازه دهند که این استان به ایالتی خودمختار تبدیل شود.
علی مطهری در مصاحبه با روزنامه شرق به مقایسه شرایط پیش و پس از انقلاب سال ۱۳۵۷ پرداخته و گفت که شرایط آزادی بیان در دانشگاه «در زمان شاه وضع بهتری از شرایط کنونی داشت».
نایب رئیس مجلس شورای اسلامی با اشاره به شرایط پدرش مرتضی مطهری گفت: «آزادی بیان در دانشگاه‌ها نسبت به سرکوب‌گر بودن رژیم شاه به طور نسبی وجود داشت و در مواردی استاد مطهری، مهندس بازرگان، دکتر شریعتی و افراد دیگری می‌توانستند صحبت کنند و شاید وضعیت آزادی بیان در آن دوره از وضعیت آزادی بیان در چند سال اخیر ما بهتر بود.»
وی در ادامه نوع برخورد با استادان دانشگاه در زمان شاه را بهتر از چند سال اخیر دانسته و تاکید کرد که با آن که پدرش در «قیام ۱۵ خرداد ۴۲» فعالیت موثری داشت و «علیه شخص شاه سخنرانی کرد»، نزدیک به دو ماه زندان بود و پس از آزادی هم از دانشگاه اخراج نشد.
نایب رئیس مجلس در ادامه گفت اما اگر استادی هم‌اکنون «در آن حد و بلکه پایین‌تر» از آن انتقاد داشته باشد «او را اخراج و حتی گاهی برای خانواده او مشکلاتی ایجاد می‌کنیم.»
آقای مطهری در پاسخ به این پرسش که «دانشجویان در مواجهه با تنگناهایی که در شهر مشهد به وجود آمده چه کنند» گفت که «کسی نمی‌تواند جلو آزادی‌های اساسی آنها را بگیرد» و «اجازه ندهند خراسان به صورت یک ایالت خودمختار درآید چون در آینده این امر برای کل کشور مشکل ایجاد می‌کند...»
در یکی از آخرین سلسله رویدا‌دهای مربوط به اجرای سخنرانی و کنسرت در استان خراسان رضوی، با دستور دادستانی سخنرانی علی مطهری که به مناسبت مراسم اربعین قرار بود برگزار شود لغو و دفتر اصلاح‌طلبان این شهر هم پلمب شد.
در همین حال با وجود مخالفت مهدی عرب‌پور، امام جمعه موقت کرمان، سخنرانی علی مطهری به مناسبت روز دانشجو روز دوشنبه، ۱۵ آذر، در دانشگاه کرمان برگزار شد.
اما سخنرانی نایب رئیس مجلس این بار نیز بی‌حاشیه نبود.
علی مطهری در صفحه اینستاگرام خود نوشت که حراست دانشگاه شهید باهنر اجازه ورود خبرنگاران را به محل سخنرانی نداد. از سوی دیگر این که مجری منصوب حراست در بخش پرسش و پاسخ «سوالات بی‌ربطی» از علی مطهری می‌پرسید که دانشجویان اعتراض کردند که چرا پرسش‌های آنها در تریبون خوانده نمی‌شود.