دادستان کل کشور در پی انتقادهای شدید محمود احمدی‌نژاد از قوه قضائیه، بدون نام بردن از او گفت: «کسی که هشت سال مدیریت عالی کشور را عهده دار بوده است؛ خصوصا در چهار سال دوم مدیریتش، با کلکسیونی از قانون‌گریزی و عمل خلاف قانون، دم از دفاع از حقوق مردم می‌زند».
به گزارش خبرگزاری تسنیم، محمدجعفر منتظری با اشاره به آسیب‌ها، مشکلات و ضعف‌های قوه قضائیه افزود: «آقای محترمی که هشت سال مدیریت کشور را عهده‌دار بودی و امروز به صورت اپوزیسیون قوه‌قضائیه درآمدی، اگر انتقاد درستی دارید بفرمایید».
محمود احمدی‌نژاد در مصاحبه‌ای که روز پنجشنبه دوم آذر، در وبسایت «دولت بهار» منتشر شد، انتقادهایی را متوجه آیت‌الله صادق لاریجانی، رئیس قوه قضائیه، و نیز عملکرد این قوه مطرح کرده بود.
او گفته بود: «یکی از تخلف‌های بزرگ قوه قضائیه این است که آمده زندان را در اختیار نهادهای امنیتی قرار داده؛ اینها (قوه قضائیه) دستگیر می‌کنند، می‌دهند دست ضابط! ضابط برو هر کاری می خواهی با این بکن».
رئیس جمهوری سابق ایران افزوده بود: «اگر روزی قرار باشد به تخلفاتی که مقام‌های قضایی در امر قضاوت دارند می‌کنند، رسیدگی شود، شاید به همین اندازه (تعداد کل پرونده‌های قضایی) پرونده تشکیل شود؛ از جایشان تکان نمی‌خورند! نشستند آنجا و حرف می‌زنند».
دادستان کل کشور روز یکشنبه با اشاره به رئیس جمهوری سابق ایران گفت: «شناسنامه او از مقابله با رهبری مشحون است؛ قهر کردن و ۱۱ روز خانه‌نشینی و رها کردن دولت، بوسه بر تابوت یک کافر ملحد زدن، مادر چاوز را در بغل گرفتن و بوسه بر گونه‌هایش گذاشتن و اهانت به مراجع تقلید و دروغ گفتن و جابجایی اعتبارات و بودجه‌ها».
وی با بیان این که برای احمدی‌نژاد «دلمان می‌سوزد» به او «نصیحت» کرد که «این راهش نیست مگر اینکه اهداف دیگری داشته باشند».
محمدجواد منتظری با اشاره به اینکه «آقایان منزوی هستند و می‌خواهند خود را از انزوا در بیاورند» گفت: «سکوت قوه قضائیه به معنی عجز از برخورد نیست و قطعا و مسلما اگر شرایط فراهم شود، قوه قضائیه در برابر این حرکات که هیچ نفعی برای مردم و ملت ندارد برخورد می‌کند».
او گفت: «ما می‌خواهیم با تدبیر حل شود. ما منتظریم خودشان سر عقل بیایند و بفهمند که این روش صحیح نیست».
همچنین به نوشته تسنیم، عباس جعفری دولت‌آبادی، دادستان تهران، روز یکشنبه به «برخی اتهامات مطرح‌شده توسط محمود احمدی‌نژاد علیه قوه‌قضائیه پاسخ داد».
او گفت: «عده‌ای به بهانه برخی پرونده‌ها، دستگاه قضایی را زیر سؤال می‌برند تا چنین وانمود سازند که قوه قضائیه از مسیر اصلی خارج شده است. هم‌صدایی عوامل خارجی و داخلی علیه قوه قضائیه هم قابل تأمل است».
دادستان تهران با اعلام این که هیچ کس منکر برخی مشکلات و نقیصه‌ها در دستگاه قضایی نیست، انتقادهای محمود احمدی‌نژاد درباره وضعیت زندان‌ها را «خلاف واقع» خواند و در مورد عملکرد دادستانی تهران در زندان‌ها گفت: «فقط در هفته گذشته و در یک روز، ۶۰ تن از قضات و مقام‌های دادسرا با ۳۳۰۰ زندانی ملاقات کرده‌اند و در طول سال قبل، ۴۵ هزار نوبت ملاقات از سوی قضات با زندانیان انجام شده است و برخی معاونان دادسرا به لحاظ عدم مراجعه به زندان‌ها توبیخ شدند».
محمود احمدی‌نژاد با انتقاد از وضعیت زندان‌ها در ایران گفته بود: «یک بار رفتی زندان را ببینی! خودت رفتی دادگاه سربزنی ... رفتی دادسرا را ببینی . من فکر نمی‌کنم حتی یک بار قانون اساسی، قانون مجازات اسلامی، قانون مدنی و دادرسی را دقیق خوانده باشند».
وی این موضوع را که قوه قضائیه با انتقاد نسبت به دستگاه قضایی برخورد می‌کند «ادعای واهی» خواند و افزود: «قانون مطبوعات مرز میان انتقاد و توهین و افترا را با دو شرط مشخص کرده است؛ انتقاد سازنده مشروط به دارا بودن منطق، استدلال و پرهیز از توهین، تحقیر و تخریب آزاد است».
دادستان تهران در پاسخ به سخنان رئیس جمهوری سابق ایران درباره کشته شدن ستار بهشتی در زندان نیز گفت: «در موضوع ستار بهشتی، بیشترین توضیحات را دادستانی تهران به مراجع رسمی ارایه داد. دادستان تهران در دبیرخانه شورای امنیت ملی و در مجلس حضور یافت و حتی به آقای نجار، وزیر وقت کشور، واقعیت‌های مرتبط با حادثه اعلام شد تا به اشتباه اطلاع‌رسانی نشود و در همین رابطه پرونده قضایی تشکیل شد؛ مأمور متخلف تحت تعقیب قضایی قرار گرفت و با تحمل محکومیت حبس از زندان آزاد شد».
محمود احمدی‌نژاد در این مورد گفته بود: «آن بنده خدا که تحویل (ضابط) دادند بعد جنازه‌اش را تحویل خانواده‌اش دادند! یکی تو وبلاگش یک چیزی نوشته بود او را برداشتند بردند ۵۰ میلیون وثیقه صادر کردند بعد، ضابط جنازه اش را تحویل داد».
وی اشاره کرده بود که «در شورای عالی امنیت ملی در مورد ستار بهشتی من تقریبا با رئیس قوه قضائیه دعوا کردم، فریاد زدم سرشان! گفتم جنایت کردید شما! برای چه جوان مردم را گرفتید شما! این چه وضعش است».
ستار بهشتی، کارگر و وبلاگ‌نویس، روز نهم آبان ۱۳۹۱ به‌دست پلیس فتا بازداشت شد. او به اتهام «اقدام علیه امنیت ملی از طریق فعالیت در شبکه اجتماعی به خصوص فیسبوک» بازداشت و در مکانی نامعلوم و در مدت بازجویی از سوی پلیس فتا شکنجه شد. او چهار روز بعد از بازداشت و در جریان بازجویی جان خود را از دست داد و در گورستان رباط کریم جایی محل زندگی‌اش به خاک سپرده شد.
در این ارتباط، شماری از منتقدان محمود احمدی‌نژاد می‌گویند چرا وی در دوران ریاست جمهوری‌اش در مقابل اقدامات قوه قضائیه و سرکوب‌های سال ۱۳۸۸ سکوت کرده بود.
محمود صادقی نماینده اصلاح‌‌طلب مجلس، نیز در واکنش به گلایه‌های محمود احمدی‌نژاد به قوه قضاییه گفته است: «مگر آقای مرتضوی که جزء نزدیک‌ترین اشخاص به احمدی‌نژاد بود، مرتکب چنین تخلفاتی نشد و مگر احمدی‌نژاد از جنایات کهریزک بی‌خبر بود؟»
سعید مرتضوی که از متهمان اصلی پرونده زهرا کاظمی و بازداشتگاه کهریزک بود، از سوی محمود احمدی‌نژاد به اصرار به عنوان رئیس سازمان تامین اجتماعی منصوب شد. به گزارش خبرگزاری تسنیم، سعید مرتضوی به اتهام معاونت در قتل روح‌الامینی، یکی از کشته شدگان حادثه بازداشتگاه کهریزک به دو سال حبس محکوم شده است.