سخنگوی دولت روز سه‌شنبه ۳۰ آبان٬ در واکنش به انتقاد یک مقام بلندپایه دفتر رهبر جمهوری اسلامی از سخنان انتقادی مقام‌های دولتی درباره مسکن مهر٬ اظهارات حسن روحانی در این زمینه را «به‌جا و به‌حق» دانست و هرگونه «سیاسی‌کاری» در این زمینه را رد کرد.
به گزارش خبرگزاری ایسنا، محمدباقر نوبخت که در نشست خبری هفتگی خود سخن می گفت، در دفاع از انتقادهای روحانی از واحدهای مسکونی مسکن مهر در سرپل ذهاب گفت: «تخریب مسکن مهر در اثر زلزله، بیشتر از سایر ساختمان‌ها بود. برخی ساختمان‌ها که در مسیر گسل هم بودند آسیب جدی ندیدند».
وی پرسش حسن روحانی درباره زیاد بودن خسارات مسکن مهر را «طبیعی» دانست و اضافه کرد: «البته همه مسکن‌های مهر سراسر کشور را یک پیمانکار نساخته است و نمی‌توانیم بگوییم که مسکن مهر سراسر کشور مشکل دارد».
سخنگوی دولت با بیان اینکه «نباید برای مردم احساس ناامنی ایجاد کنیم»٬ خواستار «بازبینی» در مسکن مهر شد و گفت: «موضع رئیس‌جمهور به حق و به جا بود و نباید هر انتقادی که دولت می کند برچسب سیاسی خورده و تخطئه شود».
محمدباقر نوبخت در عین حال انتقادها از مسکن مهر متوجه «پیمانکار» آن و نه دولت محمود احمدی‌نژاد دانست.
وی افزود: «اگر این انتقاد مطرح نمی‌شد در واقع به معنای آسان گذشتن دولت از این موضوع مهم بود...این انتقاد سیاسی نبود. ...به کیفیت پایین مسکن مهر سر پل ذهاب بود نه به مسکن مهر کل کشور».
به گفته سخنگوی دولت٬ سازنده مسکن مهر با توجه به افزایش هزینه‌های مسکن، مصالحی انتخاب کرده بود که برای او ارزانتر تمام شود و دولت تلاش می‌کند با نظارت بیشتر، کیفیت مسکن مهر را افزایش دهد.
دفاع محمدباقر نوبخت از اظهارات حسن روحانی، در جریان دیدار از مناطق زلزله‌زده کرمانشاه صورت گرفت که گفته بود: «وقتی به سرپل ذهاب رفتیم دیدیم که چگونه خانه‌های مردم که در کنار خانه‌های مسکن مهر بود حتی شیشه‌هایش هم نشکسته بود اما خانه‌های مسکن مهر تخریب شده بودند».
او پس از بازگشت به تهران نیز در جلسه هیات دولت به فساد در «بخش پیمانکاری ساخت‌وساز» اشاره کرد.
پس از انتشار نخستین تصاویر از تخریب ساختمان‌های مسکن مهر در زمین‌لرزه کرمانشاه، اسحاق جهانگیری، معاون اول حسن روحانی نیز روز ۲۲ آبان گفته بود که «بیشتر خانه‌های تخریب شده در زلزله متعلق به ساختمان‌های مسکن مهر است».
این سخنان که از سوی شماری از چهره‌های حامی محمود احمدی‌نژاد، رئیس‌جمهوری سابق ایران، مورد انتقاد قرار گرفت٬ در فضای مجازی و سیاسی ایران٬ جنجال آفرین شد.
وحید حقانیان، معاون پیگیری‌های ویژه دفتر آیت‌الله علی خامنه‌ای، در جریان بازدید از مناطق زلزله‌زده٬ از آنچه از «سیاسی و شلوغ‌کاری» مقام‌های دولت روحانی دربارهٔ آسیب‌پذیری پروژه‌های مسکن مهر در زمین‌لرزه کرمانشاه نامید٬ انتقاد کرد.
وحید حقانیان گفته بود که سازه‌های مسکن مهر «اشکالی ندارد» و «خدا لعنت کند معاون اول رئیس‌جمهور، آقای جهانگیری را که اولین تخم لق سیاسی را گذاشت و در جلسه اقتصاد مقاومتی اعلام کرد» که خانه‌های مسکن مهر در زلزله تخریب شده است.
وی پس از آن نیز باردیگر از سخنانش در مورد مسکن مهر دفاع کرد و بدون عذرخواهی از سخنانش درباره معاون اول رئیس‌جمهوری ایران اعلام کرد که «قصد توهین و جسارت» به اسحاق جهانگیری را نداشته است.
این مقام دفتر رهبر جمهوری اسلامی در فیلمی که در خبرگزاری فارس منتشر شده٬ گفته بود که نباید «مسائل این‌چنینی را سیاسی کنیم».
با آنکه روابط عمومی راه و شهرسازی کرمانشاه اعلام کرده است هنوز «آمار دقیقی از میزان تلفات مسکن مهر مناطق زلزله‌زده به‌ویژه سرپل‌ذهاب وجود ندارد»، اما گزارش‌های تائیدنشده‌ای مبنی بر اینکه بیشتر قربانیان در این خانه‌ها زندگی می‌کردند، منتشر شده است.
در مقابل٬ شماری از هواداران محمود احمدی‌نژاد نیز در شبکه‌های اجتماعی از طرح مسکن مهر حمایت کرده و نوشته‌اند در صورت ساخته‌نشدن این خانه‌ها در نقاط آسیب‌دیده بر اثر زلزله، شمار قربانیان بیشتر می‌بود.