سردبیر روزنامه اصلاح‌طلب «مستقل» چاپ تهران خبر داده است که این روزنامه به دلیل انتشار تصویری از میرحسین موسوی، آخرین نخست‌وزیر ایران و از رهبران اعتراض‌ها به نتایج انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ توقیف شده است.
علی نظری روز شنبه ۱۵ مهر در گفت‌وگو با ایلنا گفته است که به دنبال چاپ عکس میرحسین موسوی در شماره روز چهارشنبه این روزنامه «به ما از طرف دادستانی اعلام شد که تا اطلاع ثانوی روزنامه را منتشر نکنیم».
روز چهارشنبه ۱۲ مهر، روزنامه مستقل در واکنش به گزارش‌های طرح شده در مورد تلاش برای تغییر نظام ریاستی در ایران به نظام پارلمانی، تحلیلی با عنوان «نظام ریاستی باید حفظ شود» انتشار داد که همراه با آن عکس پنج نخست‌وزیر ایران در سال‌های پس از انقلاب بهمن ۵۷ منتشر شده است.
در این ارتباط آقای نظری به ایلنا خبر داده که «روز شنبه در دادگاه فرهنگ و رسانه حضور پیدا کردیم ولی حکم کتبی به ما داده نشد و فقط به ما اعلام کردند که فعلاً اجازه انتشار نداریم».
او با تأکید بر اینکه «از نظر خودمان ما مرتکب جرمی نشده‌ایم و از قانون نیز تخلف نکردیم»، ابراز امیدواری کرده است که روند انتشار این روزنامه از سر گرفته شود.
علاوه بر ایلنا دیگر منابع خبری در ایران، گزارش‌های خود در زمینه توقیف روزنامه «مستقل» را با استناد به گفت‌وگوی سردبیر این روزنامه با انصاف‌نیوز منتشر کرده‌اند.
مراجعه به وب‌سایت روزنامه مستقل نیز نشان می‌دهد از روز چهارشنبه که تصویر میرحسین موسوی در این روزنامه منتشر شده، شماره دیگری بر روی وب‌سایت روزنامه قرار نگرفته و روزنامه مستقل عملاً روز پنجشنبه ۱۳ مهر نیز منتشر نشده است.
روزنامه مستقل از اول اسفند ماه سال ۹۵ به مدیرمسئولی فریبا عباسی و سردبیری علی نظری شروع به کار کرد، و خود را به عنوان روزنامه‌ای «با خط مشی اطلاح‌طلبانه و رویکرد حمایت از دولت» معرفی می‌کند.
علی نظری از فعالان اصلاح‌طلبی که در مجلس ششم نمایندگی اراک را به عهده داشت و پیش از انتشار روزنامه مستقل از سال مرداد ماه ۹۳ سردبیری هفته‌نامه پایتخت کهن را به عهده داشت. این هفته‌نامه هم مانند روزنامه مستقل با مدیر مسئولی فریبا عباسی منتشر می‌شد.