پس از چند هفته اعتراض‌های کارگران شرکت هفت‌تپه به عدم پرداخت حقوق معوق‌شان، چندین کارگر معترض از جمله اسماعیل بخشی از نمایندگان کارگران هفت‌تپه در روزهای آخر آبان ماه بازداشت شدند و گرچه برخی از بازداشت‌شدگان کمتر از یک هفته بعد آزاد شدند، بازداشت اسماعیل بخشی برای دست کم دو هفته دیگر هم طول کشید.
در زمان بازداشت آقای بخشی، مسئولان وزارت کار گفتند که به دلیل امنیتی بودن پرونده او نمی‌توانند موضوع را پیگیری کنند. همچنین در این زمان گزارش‌هایی مبنی بر ضرب و شتم و شکنجه آقای بخشی منتشر شد.
گرچه دادستان شوش موضوع شکنجه آقای بخشی در زمان بازداشت را رد کرد، اما این فعال کارگری خود پس از آزادی از زندان در نوشته‌ای خبر داد که در دوره بازداشت چنان مورد ضرب و شتم و «شکنجه» قرار گرفته که «تا ۷۲ ساعت در سلولم از جایم نمی‌توانستم تکان بخورم و آن قدر زده بودند که حتی از تاب درد خوابیدن هم برایم زجزآور بود».
بیشتر در این باره: روایت اسماعیل بخشی از شکنجه و بازداشت؛ «وزیر اطلاعات پاسخگو باشد»به گفته آقای بخشی، ماموران وزارت اطلاعات او و سپیده قلیان را «کتک می‌زدند» و به آنان «انواع و اقسام فحش‌های رکیک جنسی می‌دادند» و خانواده او نیز «شنود» شده است.
موضوع بازداشت اسماعیل بخشی و اظهارات او در مورد «شکنجه»اش در دوره بازداشت واکنش‌های مختلفی را در میان مقام‌های دولتی و قضایی در پی داشت، و گرچه حالا دولت حس روحانی موضوع شکنجه این فعال کارگری را رد کرده و حق خود را برای شکایت از آقای بخشی محفوظ می‌داند، اما سپیده قلیان که همزمان با آقای بخشی در بازداشت بوده ابراز آمادگی کرده که در مورد شکنجه خود و اسماعیل بخشی، در دادگاهی عادلانه شهادت بدهد.
بیشتر در این باره: پرونده اسماعیل بخشی «امنیتی است، وزارت کار نمی‌تواند ورود کند»۱. پرونده امنیتی است، نمی‌توانیم ورود کنیم!
ایلنا کمتر از یک هفته پس از بازداشت اسماعیل بخشی و همزمان با خبر آزادی چند کارگر معترض شرکت هفت‌تپه نوشت، که از وزارت کار در پرونده یکی از بازداشتی‌ها کاری بر نمی‌آید.
این خبرگزاری به نقل از مدیرکل حمایت از مشاغل وزارت کار نوشت «بحث ادامه بازداشت کارگری که آزاد نشده امنیتی است و وزارت کار نمی‌تواند ورود کند و کاری برایش صورت دهد».
کریم یاوری افزود که در پرونده اسماعیل بخشی «مأموران امنیتی باید تحقیقات لازم را در مورد ایشان انجام دهند».
اسماعیل بخشی البته بعدتر در ۲۱ آذر ماه آزاد شد، اما پس از آن با تشریح شرایط بازداشت، خواستار پاسخگویی وزیر اطلاعات دولت حسن روحانی در مورد شکنجه خود شد.
بیشتر در این باره: اژه‌ای: اگر اسماعیل بخشی شکایت کند دادستان وارد می‌شود۲. اگر بخشی شکایت کند، ورود می‌کنیم!
غلامحسین محسنی اژه‌ای معاون اول و سخنگوی دستگاه قضایی ایران، در نشست خبری خود در روز یکشنبه ۱۶ دی، گفت که اگر اسماعیل بخشی در مورد شکنجه در زمان بازداشت شکایت کند، دادستان به موضوع ورود می‌کند.
او البته گفت که اگر وزارت اطلاعات هم در این باره تخلفی دید، به دستگاه قضایی اعلام کند.
بیشتر در این باره: رئیس قوه قضائیه ایران دستور بررسی «شکنجه» اسماعیل بخشی را داد۳. بنای ما چنین تخلفاتی نیست!
یک روز پس از اظهارات معاون اول قوه قضائیه به سخنان اسماعیل بخشی، صادق لاریجانی رئیس دستگاه قضایی، دیگر مقام ارشدی بود که به این موضوع واکنش نشان داد.
آقای لاریجانی روز ۱۷ دی در جلسه مسئولان عالی قضایی گفت که «چنین مسائلی برای ما بسیار مهم است زیرا هیچ‌گاه بنای جمهوری اسلامی چنین تخلفاتی نبوده و ما آن را به لحاظ شرعی و قانونی ممنوع می‌دانیم».
او به دادستان کل کشور دستور داد که هیئتی مستقل را برای بررسی موضوع به خوزستان اعزام کند.
بیشتر در این باره: وکیل اسماعیل بخشی: برای تکذیب شکنجه شدن، او را تحت فشار قرار داده‌اند۴. فشار برای بازپس‌گیری ادعای شکنجه
همزمان با اظهارات رئیس قوه قضائیه در مورد بررسی موضوع شکنجه اسماعیل بخشی در دوره بازداشت، وکیل او خبر داد که آقای بخشی از سوی «افراد مختلفی» برای تکذیب سخنانش «تحت فشار» قرار دارد.
فرزانه زیلابی وکیل آقای بخشی البته نگفت که این فشارها از سوی کدام افراد یا نهادها به موکلش وارد شده اما «کانال مستقل کارگران نیشکر هفت‌تپه» خبر داد که اسماعیل بخشی و خانواده‌اش «تحت فشارهای مداوم و شدید نیروهای امنیتی» قرار گرفته‌اند تا اظهارات او را تکذیب کنند.
بیشتر در این باره: دستور روحانی برای بررسی «ادعای خشونت علیه» بخشی؛ سفر هیئت قضایی به خوزستان۵. دستور روحانی برای بررسی «ادعای خشونت»
حسام‌الدین آشنا از مشاوران حسن روحانی، در کانال تلگرام خود نوشت که حسن روحانی «دستور صریح» برای بررسی اظهارات اسماعیل بخشی صادر کرده است.
البته در این باره نه حکمی در وب‌سایت ریاست جمهوری ایران منتشر شد و نه هیچ مقام دیگری در این باره اظهار نظر کرد و در عین حال خود آقای آشنا هم مشخص نکرد که این «دستور» خطاب به چه شخص یا نهادی صادر شده است.
در عین حال این مشاور حسن روحانی از به کارگیری لفظ شکنجه هم احتراز کرد و گفت که این دستور برای بررسی «ادعای خشونت علیه فرد بازداشتی» صادر شده است.
بیشتر در این باره: وزیر اطلاعات ایران درباره اسماعیل بخشی؛ «شکنجه نبود، درگیری بود»۶. شکنجه نبود، درگیری بود؛ «وابستگی به حزب کمونیست کارگری»!
در حالی که اسماعیل بخشی خواستار پاسخگویی علنی وزیر اطلاعات در مورد بازداشت و شکنجه خود در یک مناظره تلویزیونی شده بود، محمود علوی در یک جلسه غیرعلنی کمیسیون امنیت ملی مجلس، پشت درهای بسته، به موضوع بازداشت و «شکنجه» آقای بخشی واکنش نشان داد.
در مورد محتوای این نشست غیرعلنی، رئیس کمیسیون امنیت ملی مجلس ایران، به نقل از مقام‌های وزارت اطلاعات گفت که در «مسیر بازداشت و انتقال» اسماعیل بخشی به بازداشتگاه، بین نیروهای امنیتی و آقای بخشی «یکسری درگیری‌ها» رخ داده، اما او در حین بازداشت «شکنجه نشده است».
حشمت‌الله فلاحت‌پیشه همچنین گفت که در این جلسه فیلم «اعترافات» آقای بخشی پخش شده و او در این فیلم «اعتراف می‌کند که به حزب کمونیست کارگری وابسته است و سیاست این حزب گسترش اعتراضات است».
این ادعا بعدتر در گفت‌وگوی یکی از مسئولان اجرایی حزب کمونیست کارگری با رادیوفردا تکذیب شد.
بیشتر در این باره: واعظی: وزارت اطلاعات و نظام حق دارد از اسماعیل بخشی شکایت کند۷. حق شکایت برای نظام محفوظ است!
محمود واعظی رئیس، دفتر حسن روحانی، روز ۱۹ دی اعلام کرد که در پی گزارش وزیر اطلاعات در مورد اسماعیل بخشی، «مشخص شد» ادعای شکنجه او «به هیچ وجه درست نبوده است».
او افزود که «این حق برای وزارت اطلاعات و نظام در نظر گرفته شده» که از اسماعیل بخشی«شکایت شود».