علی مطهری، نماینده تهران در مجلس، گفته‌های فرمانده سپاه پاسداران در اعتراض به سخنان حسن روحانی را قرار دادن شورای نگهبان «در مقابل مردم» دانست و تأکید کرد که ورود این نهاد نظامی به عرصه سیاست و انتخابات «به صلاح کشور نیست.»
حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران، روز چهارشنبه، ۲۸ مرداد، ضمن اعتراض تلویحی به رد صلاحیت گسترده کاندیداهای انتخابات، این تذکر را مطرح کرده بود که شورای نگهبان، ناظر، و دولت، مجری انتخابات، است و «نظارت و اجرا نباید مخلوط شوند».
این گفته‌های آقای روحانی اعتراض شماری از اصول‌گرایان تندرو و امامان جمعه را به دنبال داشت و در همین حال محمدعلی جعفری، فرمانده سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، در واکنشی تند، رئیس جمهوری ایران را به تلاش برای «تضعیف» شورای نگهبان متهم کرده بود.
در واکنش به این گفته‌ها، علی مطهری، نماینده تهران در مجلس، روز شنبه در نامه‌ای به آقای جعفری نوشت: «قطع نظر از درستی یا نادرستی انتقاد آن مقام محترم، ورود سپاه پاسداران به عالم سیاست و لوازم آن مانند انتخابات، به صلاح کشور و نیروهای مسلح و انقلاب اسلامی نیست، زیرا موجب اختلاف و دودستگی در سپاه می‌شود.»
آقای مطهری در نامه خود گفته‌های آیت الله خمینی، رهبر پیشین جمهوری اسلامی، مبنی بر اینکه «برای سپاهی‌ها جایز نیست» که وارد «دسته‌بندی‌های» سیاسی و انتخابات شوند، را نیز یادآوری کرده‌است.
فرمانده سپاه پاسداران در واکنش به سخنان آقای روحانی همچنین گفته بود: «کسانی که از مسیر همین شورا و با بلندنظری و منش غیرجناحی اعضای آن فرصت ظهور در عرصه مدیریت کشور را یافته‌اند باید گفتار سنجیده‌تری داشته باشند.»
علی مطهری این گفته‌های آقای جعفری را «نوعی تضعیف شورای نگهبان و قرار دادن آن در مقابل مردم» دانست.
وی تأکید کرد: «گویی بر جناب آقای روحانی، رئیس جمهور، منت گذاشته و گفته‌اید به جای این حرف‌ها خدا را شکر کنید که از سر لطف و اغماض شورای نگهبان از این فیلتر و صافی عبور کردید.»
این نماینده تهران در مجلس اضافه کرد: «این چه لطف و اغماضی است که کسی که هجده میلیون رأی داشته و اگر انتخابات به دور دوم می‌کشید شاید سی میلیون رأی داشت، رد صلاحیت نشده است؟»
آقای مطهری پیش از این نیز در سال ۹۱ و پس از انتخابات مجلس نهم سپاه پاسداران را متهم کرده بود که تلاش داشته کاندیداهای مطلوب خود را به مجلس بفرستد.
فرماندهان سپاه پاسداران این اتهامات آقای مطهری را رد کرده‌اند. با این وجود، علی سعیدی، نماینده رهبر جمهوری اسلامی در سپاه پاسداران، روز سه‌شنبه ۱۹ خرداد، تغییر مجلس اصول‌گرا به «مجلسی دیگر» را «تهدیدی» برای «مصالح نظام» و همچنین «آرمان‌های» آیت‌الله خمینی و آیت‌الله خامنه‌ای خوانده بود.
آقای سعیدی، روز ۱۹ دی ماه ۹۱، گفته بود که «وظیفه ذاتی سپاه، مهندسی معقول و منطقی انتخابات است.»
این سخنان اعتراضات زیادی را به دنبال داشت و از جمله محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهوری وقت ایران، روز ۲۰ دی‌ماه ۹۱ گفت: «هر کس بخواهد مردم را مدیریت کند، مردم او را مدیریت می‌کنند.»
معترضان به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ نیز انتشار فیلم‌هایی از سخنرانی‌های محمدعلی جعفری، فرمانده کل سپاه پاسداران در خرداد ماه سال ۹۳ را نشانه‌های دیگری از به گفته آنان «تقلب» در این انتخابات دانستند.
مجمع تشخیص مصحلت نظام ایران روز شنبه ۲۵ بهمن ۹۳، ضمن بررسی «سیاست‌های کلی انتخابات»، در مصوبه‌ای ورود افراد نیروهای مسلح و دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی در «دسته‌بندی‌های سیاسی و جناحی در انتخابات و جانبداری از داوطلبان خاص» را ممنوع اعلام کرد.
این سیاست‌ها پس از تصویب در این مجمع باید به تأئید آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، نیز برسد.
