طی دوران مسئولیت‌های قضایی ابراهیم رئیسی در دهه‌های ۶۰ و ۹۰ خورشیدی، شماری از ورزشکاران سرشناس و مطرح ایران اعدام شدند.
بحث‌انگیزترین پروندۀ اعدام در سالیان ریاست رئیسی بر قوه قضائیه به دار آویختن نوید افکاری در زندان شیراز بود که انعکاس جهانی یافت و تعدا بسیاری از ورزشکاران سرشناس دنیا را به واکنش واداشت.
او کشتی‌گیری بود که در رده نوجوانان به اردوی تیم ملی راه یافته بود اما شهریور ۱۳۹۹ به اتهام قتل یکی از مأموران امنیتی حاضر در تجمعات اعتراضی شیراز و با حکمی که کارشناسان حقوقی ایرادات فراوانی به آن وارد کردند، اعدام شد.
برادرانش وحید و حبیب نیز ضمن تحمل ضربات شلاق، مدتی طولانی را در انفرادی گذراندند. آن‌ها گفتند در دوران بازداشت برای اخذ اعتراف تحت شکنجه‌های شدید قرار داشتند.
مادر نوید افکاری در پیام ویدیوئی گفت پسرانش شکنجه شده‌اند تا علیه همدیگر شهادت بدهند و یکی از آن‌ها تحت فشار فیزیکی و روحی در زندان دست به خودکشی زده است.
حسن یونسی، فرزند وزیر اسبق اطلاعات، وکالت نوید را بر عهده داشت. او در توئیتر (ایکس فعلی) با اشاره به حق محکوم برای دیدار با خانواده‌اش قبل از اجرای حکم نوشت: «آن‌قدر عجله داشتید که نوید را از آخرین دیدار هم محروم کردید.»
مصطفی تاج‌زاده، معاونت سیاسی وزارت کشور در دولت خاتمی، در نامه‌ای به ابراهیم رئیسی، ضمن انتشار فهرستی از ایرادات این پرونده نوشت: «يكی از شهود از شهادت خود برگشته بود. يكی ديگر از شهود گفته نويد را اولين بار در دادگاه ديدم. در نظريه پزشکی قانونی نيز مسائلی وجود داشت. آيين‌نامۀ قصاص شرايطی را در نظر گرفته كه بدون آن قصاص منتفی است.»
تاج‌زاده همچنین خواهان «تعيين فوری تيم ويژه و بی‌طرف» شد تا فرايند بازپرسی و صدور حكم را بررسی کنند. عبدالله ناصری، مدیرعامل اسبق خبرگزاری دولتی ایرنا، نیز در نامه‌ای به رئیسی نوشت: «پروندۀ جوان مظلوم نوید افکاری خبر اول جهان شد. قصاص تعجیلی او از جنس اعدام‌های ۶۷ که جنابعالی از آمرانش بودید، دوباره نقطه‌عطف کردار حقوقی حکومت شد.»
آقای ناصری همچنین از ابراهیم رئیسی خواست که «به‌عنوان مجری این ظلم و خبط مشابه قتل‌های زنجیره‌ای، عذرخواهی کرده و شخصاً تعقیب قضایی آمران و عاملان را بر عهده بگیرید».
با همۀ این اوصاف و سیل اعتراضات و درخواست‌های داخلی و بین‌المللی، قبل و بعد از اعدام نوید افکاری، این موضوع با بی‌اعتنایی کامل ابراهیم رئیسی در مقام قوه قضاییه مواجه شد.
پس از مرگ رئیسی در سقوط هلیکوپترش در روز ۳۰ اردیبهشت، سعید افکاری گفت: «تو این چندسال مادرم رو این‌قدر خوشحال ندیده بودم.»
او در شبکۀ اجتماعی ایکس نوشت: «بعد از قتل نوید، نمایندگان رئیسی به عادل‌آباد اومدن. به وحید گفتن یا بیا تلویزیون بگو من مجرمم، یا همین جا اول حبیب رو جلوت اعدام می‌کنیم، بعد خودت رو.»
ابراهیم رئیسی سه دهه پیش از ریاستش بر قوه قضائیه، ورزشکاران سرشناس دیگری را هم اعدام کرده بود.
او تابستان ۶۷ به‌عنوان معاون دادستان کل تهران، یکی از اعضای کمیتۀ پنج‌نفره روح‌الله خمینی، موسوم به هیئت مرگ بود که بدون روند قضایی جان هزاران زندانی سیاسی را گرفتند.
فروزان عبدی، کاپیتان تیم ملی والیبال زنان، سال ۶۰ به پنج سال زندان محکوم شد اما به‌رغم پایان گرفتن دوران حبس، از آزادی‌اش جلوگیری شد تا مرداد ۶۷ در زندان اوین به دار آویخته شود.
مهشید(حسین) رزاقی عضو تیم فوتبال هما نیز مرداد ۶۷ در زندان گوهردشت اعدام شد. اعدامیان تابستان ۱۳۶۷ در گورهای دسته‌جمعی و بی‌نشان دفن می‌شدند.
زین‌العابدین کاظمی، کشتی‌گیر لنگرودی، یکی دیگر از ورزشکاران شناخته‌شده‌ای است که شهریور ۶۷ با حکم هیئت مرگ که ابرهیم رئیسی هم عضو آن بود، کشته شد.
