پس از طرح انتقادهایی در مورد نحوه اجرای مقررات کارگروه مبارزه با پولشویی از سوی امامان جمعه چند شهر، سخنگوی دولت حسن روحانی در پاسخ به آنها گفت که «انتظار می‌رود در تریبون‌های نماز جمعه به مباحث مطرح شده در شورای عالی امنیت ملی احترام گذاشته شود».
نحوه اجرای مقررات مرتبط با کارگروه مبارزه با پولشویی که از جمله به گفته برخی رسانه‌ها محدودیت‌هایی را در ارائه خدمات بانکی به برخی نهادهای وابسته به سپاه سبب شده، انتقادهای رسانه‌ها و چهره‌های اصولگرا را در پی داشته و این گروه‌ها اعمال چنین محدودیت‌هایی را به «خودتحریمی» تعبیر کرده‌اند.
این موضوع در خطبه‌های نماز جمعه ۱۹ شهریور مورد اشاره برخی امامان جمعه بود: از جمله در تهران، احمد جنتی گفت که این قرارداد موجب «تحریم داخلی» نهادهایی چون قرارگاه خاتم‌الانبیا، وابسته سپاه پاسداران، در داخل کشور خواهد شد، و افزود که «مجلس نباید در این قضیه سکوت کند» و باید نظارت خود را «اعمال کند».
آقای جنتی ادعا کرد که «۸۷ فرد و نهاد» با موافقت‌نامه اف‌ای‌تی‌اف «تحریم می‌شوند»، و دولت باید توضیح دهد که «به چه جرئتی بر خلاف مصالح ملت محرمانه سندی را امضا کرده است».
دبیر شورای نگهبان همچنین تأکید کرد «در هر صورت جلوی این امر گرفته می‌شود» و افزود: «باید درسی برای اینها شود که خدا و انقلاب و نظارت مردم را در نظر بگیرند و بعد هر کاری که می‌خواهند بکنند.»
در همان روز مشابه همین سخنان از زبان اسدالله ایمانی امام جمعه شیراز و احمد علم‌الهدی امام جمعه مشهد نیز گزارش شد.
روز سه‌شنبه، ۲۳ شهریور، در واکنش به چنین سخنانی محمدباقر نوبخت، سخنگوی دولت حسن روحانی، گفت که «تاکنون توضیحاتی زیادی درباره ابهامات و اتهامات از سوی مسئولان دولتی به خصوص وزیر امور اقتصادی و دارایی مطرح شده... و از تریبون‌های نماز جمعه انتظار تبلیغ و ترویج تقوا، دین و اخلاق داریم، انتظار می‌رود مباحث مطرح شده در شورای عالی امنیت ملی نیز مورد احترام قرار گیرد».
آقای نوبخت اضافه کرد که «جای طرح کامل این مباحث در شورای عالی امنیت ملی است، و گاهی در رسانه‌ها و تریبون‌ها، برخی مسئولان مجبور به ارائه توضیحاتی می‌شوند که به هیچ وجه صلاح نیست این مباحث در سطح رسانه‌ای مطرح شود».
او بدون اشاره به جزئیات بیشتر ادامه داد: «برخی از مباحث را نباید دشمنان بشنوند، ولی گاهی طوری فضاسازی به وجود می‌آید که با بیان واقعیت‌ها، سوءاستفاده‌هایی از سوی رسانه‌های کشورهای خارجی و متخاصم صورت می‌گیرد.»
«شرایطی را می‌پذیریم که در قانون اساسی باشد»
برخی از انتقادهای دیگر در مورد اجرای مقررات پولشویی مربوط به نحوه حمایت ایران از سازمان‌های جهادی پس از اجرای این توافق است.
در این زمینه برخی نمایندگان مجلس گفته‌اند که در صورت اجرای مقررات گروه ویژه اقدام مالی، ایران از سال ۲۰۱۸ به بعد گروه‌هایی چون حزب‌الله، حماس و گروه‌های اسلامی را «به عنوان گروه‌های تروریستی» خواهد شناخت.
با این حال سخنگوی دولت روحانی تاکید کرد که ایران «شرایطی» را در این سند می‌پذیرد که «در چهارچوب» قانون اساسی جمهوری اسلامی باشد، و «در قانون اساسی، نسبت به نهضت‌های آزادی‌بخش، توضیح واضحی داده شده است».
آقای نوبخت افزود که «ما با کشور کره شمالی در لیست سیاه بودیم و الان از این لیست خارج شده و در مرحله تعلیق هستیم. هیچ توافقی در این باره صورت نگرفته، ولی تصریح شده هر توافقی که در چهارچوب قانون اساسی است، مورد احترام ماست».
این توضیحی است که پیشتر شورای عالی مبارزه با پولشویی ایران نیز در بیانیه‌ای که روز سه‌شنبه، ۱۶ شهریور، منتشر شد داده بود.
در ۲۴ ژوئن ۲۰۱۶، گروه ویژه اقدام مالی اعلام کرد که محدودیت‌های نظام پولی و مالی این نهاد بر نظام بانکی ایران را به مدت ۱۲ ماه به حالت «تعلیق» درآورده است.
این اقدام پس از آن بود که مقام‌های بانک مرکزی ایران با گروه ویژه به توافقی به نام «برنامه اقدام» در زمینه مبارزه با پولشویی و مبارزه علیه تروریسم دست یافتند.
با این حال اندکی پس از این تفاهم، عباس عراقچی، معاون حقوقی و بین‌الملل وزارت خارجه ایران، تأکید کرد که ایران حزب‌الله لبنان را قربانی هیچ چیز نخواهد کرد.
او گفته بود که «بر اساس قانون تأمین مالی تروریسم، مصوب مجلس شورای اسلامی، گروه‌هایی که فعالیت‌های ضد استعمارگری و نژادپرستی دارند، گروه تروریستی محسوب نمی‌شوند و تشخیص گروه‌های تروریست با شورای عالی امنیت ملی است».
