حمله شاگردان آیت‌الله روح‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی، به مراجع تقلید منتقد یک سنت بوده و حتی پیش از رهبری او نیز این رویه وجود داشته است. این سنت در دوره رهبری آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر فعلی، نیز با قوت ادامه پیدا کرده و اینک دامنه حملات به مراجع منتقد محدود نشده و به مراجع غیر همراه حکومت نیز تعمیم پیدا کرده است.
نامه تهدیدآمیز محمد یزدی به آیت‌الله موسی شبیری زنجانی نام این مرجع تقلید را در فضای عمومی ایران مطرح کرده است. محمد یزدی به روایت خودش حتی پیش از پیروزی انقلاب ۵۷ در منبر به آیت‌الله کاظم شریعتمداری، مرجع تقلید شیعه، حمله می‌کرده و بر اساس گزارش‌ها در حمله فیزیکی به حامیان این مرجع تقلید و همچنین حمله به دفتر و خانه آیت‌الله حسینعلی منتظری و آیت‌الله احمد آذری قمی و حصر آنان نیز نقش ویژه‌ای داشته است.
به گفته محسن کدیور، آقای یزدی همچنین نویسنده دو بیانیه جامعه مدرسین حوزه علمیه قم درباره «عزل» آیت‌الله شریعتمداری و یوسف صانعی بوده است.
به جز محمد یزدی که جزو شاگردان راستگرای آیت‌الله خمینی است، شاگردان چپگرای وی نیز در حمله به مراجع تقلید منتقد نقش داشته‌اند.
حتی در زمان تبعید آیت‌الله خمینی در نجف شاگردان او اقداماتی را علیه دیگر مراجع تقلید که با او به صورت علنی همراهی نداشتند انجام می‌دادند. ابراهیم یزدی در خاطرات خود به نقل از برخی از روحانیون نزدیک به آیت‌الله خمینی در نجف از جمله محمود دعایی گفته که مهدی کروبی، حمید روحانی (زیارتی) و علی اکبر محتشمی‌پور «علمدار حرکت علیه» آیت‌الله ابوالقاسم خویی و آیت‌الله محمد باقر صدر بودند.
رهبر پیشین ایران خود نیز عملاً مجوز حمله به روحانیونی را که «همراهی نمی‌کردند»، صادر کرده و از جوانان خواسته بود عمامه آنان را «بردارند».
او گفته بود: «من نمی‌گویم بکشند، اینها قابل کشتن نیستند... لازم نیست آنها را خیلی کتک بزنند، لکن عمامه‌های‌شان را بردارند».
مهاجمان به آیت‌الله ابوالحسن شمس‌آبادی که منجر به قتل وی شد، نیز دلیل اقدام خود را همین سخنان آیت‌الله خمینی ذکر کرده‌اند.
پس از انقلاب ۵۷ نیز برخی از مراجع تقلید و روحانیون مخالف آیت‌الله خمینی از جمله آیت‌الله شریعتمداری و آیت‌الله محمدصادق روحانی حصر شدند.
حمله به مراجع تقلید تنها به مراجع تقلید «غیر انقلابی» محدود نشد و در دوره رهبری علی خامنه‌ای برخی از مراجع تقلید که خود از شاگردان مشهور آیت‌الله خمینی بودند، از جمله منتظری و آذری قمی طعم حصر را چشیدند.
آیت‌الله یوسف صانعی، دیگر شاگرد روح‌الله خمینی است که حامیان رهبر ایران به دفترش حمله کرده‌اند و جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز اعلام کرده که او «فاقد ملاک‌های لازم براي تصدّی مرجعيت» است.
آیت‌الله شبیری زنجانی اما هیچگاه مانند این مراجع تقلید و روحانیون شاخص به صورت علنی از حکومت انتقاد نکرده است. هر چند او مانند استاد خود آیت‌الله خویی به ولایت فقیه اعتقادی ندارد.
او در سال‌های اخیر به وساطت برای آزادی زندانیان سیاسی و هشدارهای محرمانه به آیت‌الله خامنه ای شهرت داشته است. آخرین وساطت علنی او مربوط به آزادی احمد منتظری بود و پیش از آن نیز برای آزادی علی شکوری‌راد، عضو حزب «مشارکت ایران اسلامی» نزد آیت‌الله خامنه ای وساطت کرده بود.
این مرجع تقلید شیعه روابط نزدیکی با آیت‌الله منتظری داشت. او پس از رفع حصر منتظری سریعاً به دیدارش رفت و پس از مرگش نیز بر پیکر او نماز خواند. همچنین پس از تلاش نهادهای امنیتی برای تعطیلی دفتر آیت‌الله منتظری، برای احمد منتظری اجازه کتبی صادر کرد.
محسن کدیور نیز نوشته که او حداقل دو بار در دیدار با آیت‌الله خامنه‌ای خواستار رفع حصر آیت‌الله منتظری شده بود و در سال ۸۸ نیز درباره سرکوب معترضان به او هشدار داد.
شبیری زنجانی اما در حوزه علمیه نیز جایگاه ویژه‌ای دارد و برخی رسانه‌های فعال درباره موضوعات حوزوی، او را «سیدالفقهاء مدرسه قم» خوانده‌اند.
آن‌گونه که علی اشرف فتحی نوشته، آیت‌الله محمد مؤمن، حسن طاهری خرم‌آبادی و رضا استادی از روحانیون شاخص حکومتی جزو نسل اول شاگردان او بودند و چهره‌هایی چون احمد خمینی، محمد خاتمی و عبدالله نوری شاگردان نسل دوم او که در ابتدای دهه پنجاه در درس خارج او شرکت می‌کردند.
احمد شبیری زنجانی، پدر موسی شبیری زنجانی نیز مرجع تقلید و مورد توجه آیت‌الله عبدالکریم حائری، موسسه حوزه علمیه قم بوده است.
او چند دهه امام جماعت مدرسه فیضیه قم و نیز معتمد تام‌الاختیار علمی و مالی آیت‌الله‌العظمی حجت (از مراجع ثلاث قم در اواخر سلطنت رضاشاه) بود.
بر اساس نوشته کانال تلگرامی «تقریرات»، او در کتابی با نام «خیر الامور» که زمستان سال ۱۳۰۴ شمسی (نخستین هفته‌های سلطنت رضاشاه پهلوی) در سن ۳۶ سالگی در زنجان تألیف کرده، از لزوم اعتدال و میانه‌روی در مواجهه میان سنت و مدرنیته سخن گفته است.
این مرجع تقلید همچنین برخلاف برخی روحانیون رادیو گوش می‌داد و می‌گفت: «معنی ندارد که این وسیله اخبار حرام باشد. زیرا اسلام یک دین جهانی است و باید احکام آن به تمام مردم عالم ابلاغ شود، حرمت چنین وسیله خبررسانی با جهانی بودن اسلام سازگار نیست».
موسی شبیری زنجانی پنهان نمی‌کند که پدرش به مانند برخی از روحانیون انقلابی با روحانیون نزدیک به شاه برخورد نمی‌کرده است. او می‌گوید که پدرش پس از ترور حسن امامی، امام جمعه تهران در زمان شاه، به دیدار او رفته است.
شبیری زنجانی درباره امام جمعه تهران در زمان شاه نیز گفته است: «معمم و خوش‌قیافه و خیلی خوش‌اخلاق بود. برای قضای حوائج مردم، خیلی ساعی بود و قبل از ترور، کارش گرفته بود. بعد از ترور منزوی شد و کمتر ظاهر می‌شد. مراتب علمی دانشگاهی‌اش را نمی‌دانم، ولی اخلاقاً آدم خلیقی بود و به مردم می‌رسید. نماز جمعه‌اش در مسجد شاه حسابی شلوغ می‌شد و مردم موقع نماز جمعه به ایشان مراجعه می‌کردند».
جعفر شبیری زنجانی، برادر کوچکتر موسی شبیری زنجانی، که جایگاه برادرش را در حوزه ندارد بر خلاف وی، بارها در مدح آیت‌الله خامنه‌ای سخن گفته است.
موسی شبیری زنجانی هرچند در موضوعات سیاسی موضع گیری علنی نمی‌کند اما درباره برخی موضوعات دینی اظهار نظر کرده که به مذاق حامیان آیت‌الله خامنه‌ای خوش نیامده است. از جمله از افزایش دهه‌های عزاداری انتقاد کرده و «این‌گونه افراط‌ها »را موجب انکار اصل عزاداری می‌داند.
اینک محمد یزدی در مقام دبیر جامعه مدرسین نامه شدیداللحنی به آیت‌الله شبیری زنجانی نوشته و به او اعلام کرده «مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شأن مرجعیت است». نظری که البته پیش از این برخی از روحانیون شیعه آن را رد کرده و گفته‌اند عمر مرجعیت شیعه ده‌ها برابر جمهوری اسلامی است و چه بسا احترام به مرجعیت و روحانیون پس از قدرت گرفتن روحانیون کاهش نیز یافته است.
همچنین آیت‌الله شبیری زنجانی هیچگاه جایگاه خود را مدیون حکومت نبوده و از سال‌ها پیش مرجعیت او در حوزه جا افتاده بود. به گونه‌ای که خود جامعه مدرسین پس از مرگ آیت‌الله اراکی او را جزو هفت مرجع تقلید معرفی کرد. هر چند اصل این اقدام جامعه مدرسین نیز مورد انتقاد گروهی از روحانیون بود.
آن‌گونه که از نامه یزدی بر می‌آید او پیش از این نیز نامه‌هایی به این مرجع تقلید نوشته و این انتقادها سابقه‌دار است.
برخی دلیل این نامه را دلخوری‌های شخصی محمد یزدی می‌دانند و برخی هدف از آن را جلوگیری از ادامه تحرکات این مرجع تقلید دانسته‌اند. از دیدگاه برخی تحلیل‌گران نیز این نامه با چراغ سبز آیت‌الله خامنه‌ای نوشته شده است.
حمله محمد یزدی اما تنها چند هفته از عقب نشینی روحانیون جوان حامی آیت‌الله خامنه ای و سپاه پاسداران در برابر اعتراض دو مرجع تقلید حامی حکومت و برکناری فرمانده سپاه قم و «تیپ امام صادق» منتشر شده است. اینک شاید پس از آن عقب نشینی، حامیان آیت‌الله خامنه‌ای می‌خواهند بار دیگر از منتقدان زهر چشمی بگیرند و در برابر مراجع سنتی قدرت‌نمایی کرده و بر ضرورت «حوزه انقلابی» تاکید کنند.
