حمید بقایی، در نامه‌ای به قاضی پرونده خود، با اشاره به آنچه او «تخلفات مقامات قضایی و امنیتی» می‌داند، خواستار محاکمه دادستان تهران و بازجویانش در وزارت اطلاعات و سازمان اطلاعات سپاه پاسداران شده است.
معاون اجرایی محمود احمدی‌نژاد در دوره ریاست جمهوری، در نامه‌ای به قاضی حیدری رئیس دادگاه ۱۰۵۷ کارکنان دولت، نحوه رسیدگی به پرونده خود را «حاکی از یک تصمیم قبلی سیاسی و خصمانه برای محکوم کردن» دولت محمود احمدی‌نژاد دانسته است.
او همچنین اعلام کرده که بازجویان وزارت اطلاعات و سپاه پاسداران در مدت بازداشت از او خواسته‌اند که به «جاسوسی برای اسرائیل و انگلیس»، «جرائم امنیتی»، «ارتباط با جن و پری» و «جرائم اخلاقی» اعتراف کند.
به گفته آقای بقایی، در اواخر مرداد ماه ۹۴ حسین طائب، رئیس سازمان اطلاعات سپاه پاسداران، در زندان با او ملاقات کرده و گفته است که «اگر مطالبی علیه آقایان احمدی‌نژاد و مشایی بگویی آزاد می‌شوی».
او همچنین اعلام کرده که بازجویان از او خواسته‌اند اعتراف کند محمود احمدی‌نژاد نیز «جاسوس» بوده است.
به گفته آقای بقایی، بازجوی وزارت اطلاعات همچنین از او خواسته که اعتراف کند یکی از اعضای دولت با یک زن «۸۰ ساله» روابط «نامشروع» داشته است.
او اضافه کرده «اگر بنده تسلیم این خواسته به ناحق آنان می‌شدم هم اکنون سرنوشت من و اعضای بی‌گناه دولت چه بود؟ آیا سرنوشتی همانند ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای در سال ۷۷ در انتظارمان نبود؟».
«درخواست پرداخت پاداش جمعاً سیصد میلیون تومان به ۱۶ نفر از اعضای دولت»، «کمک به دانشگاه بین‌المللی ایرانیان»، «کمک به سازمان خانه ایرانیان»، «کمک به روزنامه دولتی ایران» و «اتهام تبانی در عقد قرارداد و معاملات پنج شرکت» از جمله اتهامات آقای بقایی است.
با این حال آقای بقایی این اتهامات را رد کرده و گفته که این اتهامات و مستندات پرونده او «غیر قانونی است».
معاون محمود احمدی‌نژاد در دوره ریاست جمهوری، همچنین اعلام کرده که اطلاعات سپاه، او را متهم به «خروج مقادیر زیادی ارز به تاجیکستان» کرده و وزارت اطلاعات نیز در این رابطه علی‌اصغر شعردوست، سفیر وقت ایران در تاجیکستان را بازداشت کرده بود.
بخشی از مواردی که به عنوان اتهام‌های آقای بقایی مطرح شده در سال‌های گذشته از سوی مقام‌های دولت حسن روحانی و نمایندگان مجلس اعلام شده بود.
از جمله اکبر ترکان رئیس دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد ایران روز ۹ خرداد ۹۳ آقای بقایی را متهم کرده بود که «سه ساختمان دولتی را به نرخ بسیار نازل به مؤسسه تحت نظارت خود اجاره داده‌است».
آقای ترکان پیش از آن نیز اعلام کرده بود که «در روز تحلیف حسن روحانی» ۱۶ میلیارد تومان به حساب دانشگاه ایرانیان متعلق به محمود احمدی‌نژاد «واریز شده است».
پس از این اتهام، حمید بقایی با اعلام این که ۱۶ میلیارد تومان به حساب دولت برگردانده شده گفت که «عودت ۱۶ میلیارد تومان داوطلبانه بود و ترکان فکر نکند کمیسر پلیس است».
«مگر قوه قضائیه ملک پدری آقای صادق لاریجانی است؟»
آقای بقایی در این نامه همچنین اعلام کرده که مأموران در هنگام بازداشت او، علاوه بر ضبط وسایلش، «النگوی دختر دو ساله»، «وسایل بازی کودک ۱۰ ساله» و «کامپیوتر نوجوان دانش‌آموز» او را نیز ضبط کرده و تعدادی از اتاق‌های خانه‌اش را نیز «به مدت سه ماه پلمب کرده‌اند».
معاون محمود احمدی‌نژاد همچنین نوشته است که دادستان تهران در مکاتباتش به جای نوشتن نام او، از عبارت «نفر دوم جریان انحرافی» استفاده کرده است.
«جریان انحرافی» عبارتی است که برخی اصولگرایان برای خطاب قراردادن نزدیکان محمود احمدی‌نژاد به خصوص اسفندیار رحیم مشایی استفاده می‌کنند.
آقای بقایی در این نامه همچنین نوشته است که «اینجانب و آقای احمدی‌نژاد در موضع مخالف سیاسی آقای صادق لاریجانی رئیس قوه قضائیه و برادرانشان هستیم. آیا باید از این بابت مجازات شویم؟».
او اضافه کرده، «حرف هم که بزنیم فردا صبح احضار یا دستگیر می‌شویم که چرا به مقام شامخ آقای صادق لاریجانی توهین کرده‌اید! مگر قوه قضائیه ملک پدری آقای صادق لاریجانی است؟».
پیش از این نیز محمود احمدی‌نژاد بازداشت نزدیکانش از جمله حمید بقایی و همچنین پرونده خود را با انتخابات آینده ریاست جمهوری و به گفته او «نامزدی علی لاریجانی» در این انتخابات مرتبط دانسته بود.
حمید بقایی روز ۳۰ مهر دادگاه خود را «سیاسی» خوانده و به کنایه گفته بود که «نه ۶۳ حساب شخصی دارم، نه دخترم جاسوس انگلیس است و نه برادرم فاسد».
اشاره‌ای به موضوع «حساب‌های شخصی» رئیس قوه قضائیه و گزارش تائیدنشده وبسایت آمد نیوز درباره «جاسوسی زهرا لاریجانی» دختر رئیس قوه قضائیه بود.
موضوع جاسوسی رئیس قوه قضائیه از سوی صادق لاریجانی، مقام‌های قوه قضائیه و وزیر اطلاعات تکذیب شد، و یک روز پس از سخنان آقای بقایی، هم رئیس قوه قضائیه با انتقاد از «سیاسی» خوانده شدن برخی پرونده‌ها، تهدید کرد که با «افترا و تخریب علیه این قوه برخورد خواهد شد تا این بساط جمع شود».
پس از آن حمید بقایی و علی‌اکبر جوانفکر، مشاور رسانه‌ای محمود احمدی‌نژاد، به دادسرا احضار شدند.
آقای بقایی در نامه تازه خود از قاضی پرونده خواسته است که «بر اساس حق و عدل با ظلم» بستیزد و «با صدور حکم برائت گوشه‌ای از ظلم صورت گرفته در حق» او را «جبران» کند.
او تاکید کرده که دادستان تهران، بازپرس و بازجویان اطلاعات سپاه پاسداران و وزارت اطلاعات به اتهام «پرونده‌سازی» علیه او، «تخلفات گسترده از شرع و قانون و داشتن نیت سوء» باید «محاکمه و مجازات شوند تا راه تخلف و تعدی و ظلم و سوء‌استفاده از قدرت بسته شود».
درگیری لفظی حمیدرضا بقایی و مقام‌های قوه قضائیه بی‌سابقه نیست و از جمله آقای بقایی تابستان سال جاری و هنگام آزادی از زندان با حمله شدید به قوه قضائیه، غلامحسین محسنی اژه‌ای سخنگوی این قوه را فردی «دروغگو» خوانده و خطاب به مقام‌های قضایی گفته بود که به زودی «سرنگون می‌شوید».
این سخنان به تشکیل پرونده‌ای دیگر برای وی منجر شد.
حمید بقایی سال ۹۴ به اتهام «اختلاس» بازداشت شد و پس از آن افراد نزدیک به آقای احمدی‌نژاد خبر دادند که او با دستور رهبر جمهوری اسلامی آزاد شده است.
او در تیر ماه امسال نیز بازداشت و با وثیقه ۲۰ میلیارد تومانی آزاد شد.
آقای بقایی به همراه محمود احمدی‌نژاد برای انتخابات ریاست جمهوری در سال ۹۶ نامزد شده بودند، اما شورای نگهبان صلاحیت هر دوی آنها را رد کرد.