ساعاتی پس از احضار حمید بقایی و علی‌اکبر جوانفکر به دادگاه، محمود احمدی‌نژاد نحوه رسیدگی به پرونده آقای بقایی را نشانه «عمق وضعیت نابسامان در قوه قضاییه» خواند و مقامات این قوه را متهم کرد که «از قدرت قضایی به عنوان ابزاری در خدمت اهداف شخصی خود» استفاده می‌کنند.
به گزارش وبسایت دولت بهار، رئیس جمهور سابق ایران روز پنجشنبه ۴ آبان در نامه‌ای اعلام کرد که «در روند بازپرسی» از حمید بقایی «تمام موازین حقوقی و قانونی و حقوق شهروندی زیر پا گذاشته‌شده و کیفرخواست صادره مملو از ایرادات حقوقی و تخلفات متعدد بازپرس و دادستانی و ضابطین» است.
آقای احمدی‌نژاد در این نامه بخش‌هایی از اتهامات حمید بقایی را منتشر کرده که «درخواست پرداخت پاداش جمعاً سیصد میلیون تومان به ۱۶ نفر از اعضای دولت»، «کمک به دانشگاه بین‌المللی ایرانیان»، «کمک به سازمان خانه ایرانیان»، «کمک به روزنامه دولتی ایران» و «اتهام تبانی در عقد قرارداد و معاملات پنج شرکت»از جمله آنها است.
رئیس جمهور سابق ایران اعلام کرده که این اتهام‌ها با شکایت دولت حسن روحانی علیه آقای بقایی مطرح شده است.
بخشی از مواردی که در نامه آقای احمدی‌نژاد به عنوان اتهام‌های آقای بقایی مطرح شده در سال‌های گذشته از سوی مقامات دولت حسن روحانی و نمایندگان مجلس اعلام شده بود. از جمله اکبر ترکان رئیس دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد ایران روز ۹ خرداد ۹۳ آقای بقایی را متهم کرده بود که «سه ساختمان دولتی را به نرخ بسیار نازل به مؤسسه تحت نظارت خود اجاره داده‌است».
آقای ترکان پیش از آن نیز اعلام کرده بود که «در روز تحلیف حسن روحانی» ۱۶ میلیارد تومان به حساب دانشگاه ایرانیان متعلق به محمود احمدی‌نژاد «واریز شده» شده‌است.
پس از این اتهام، حمید بقایی با اعلام این که ۱۶ میلیارد تومان به حساب دولت برگردانده شده گفت که «عودت ۱۶ میلیارد تومان داوطلبانه بود و ترکان فکر نکند کمیسر پلیس است».
در سال ۹۰ نیز احمد توکلی نماینده مجلس هشتم گفته بود که آقای بقایی برای واگذاری یک پروژه ۴۵۰ میلیارد تومانی به یک شرکت خصوصی تلاش کرده و «در آن دست داشته‌است».
تحویل ارز از سوی «یک نهاد انقلابی» برای کمک به برخی مقامات آفریقایی
براساس نامه آقای احمدی‌نژاد، «ممانعت از ورود بازرس سازمان بازرسی» و «وجود شوکر برقی و تجهیزات دریافت تصاوير ماهواره در انبار منزل» از دیگر اتهامات آقای بقایی است.
رئیس جمهور سابق ایران همچنین اعلام کرد که مشخص نبودن وضعیت «مقداری ارز» تحویل شده به آقای بقایی از سوی «از یک نهاد انقلابی برای کمک به برخی مقامات آفریقایی» در مرداد سال ۹۴ دیگر اتهام آقای بقایی است.
آقای احمدی‌نژاد بدون اشاره به نام این نهاد و مقامات آفریقایی و بدون بیان جزئیات بیشتر این اتهام را رد کرد.
عبارت «نهادهای انقلابی» معمولا درباره نهادهایی مانند سپاه پاسداران و یا دیگرنهادهای زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی به کار می‌رود.
رئیس جمهور سابق ایران دراین نامه همچنین قاضی دادگاه آقای بقایی را متهم کرد که قصد دارد «دادگاه را به سمت منظور خود هدایت کند و فقط مستمع مطالبی باشد که این هدف را تامین می‌کند».
به گفته آقای احمدی‌نژاد، این قاضی «اجازه دفاع حقوقی نمی‌دهد، تهدید می‌کند و از طرح سوالات و اشکالات اساسی پیرامون نحوه شکل گیری غیرقانونی پرونده و تخلفات عدیده و اقدامات غیرقانونی و غیرمستند بازپرس و ضابطان و اتهامات بی‌اساس در کیفرخواست ممانعت» می‌کند.
وی تاکید کرد که درباره پرونده آقایی بقایی «تصمیمی از قبل گرفته شده و اصرار بر اجرای آن از مسیر قوه قضاییه است».
پیش از این آقای بقایی و وکیل او اعلام کرده بودند که قاضی دادگاه به آنها اجازه صحبت کردن در دادگاه را نمی‌دهد.
ساعاتی پیش از انتشار نامه آقای احمدی‌نژاد، رسانه‌ها در ایران از احضار علی‌اکبر جوانفکر، مشاور رسانه‌ای رئیس جمهور سابق و حمیدرضا بقایی معاون رئیس دولت‌های نهم و دهم خبر داده بودند.
بر اساس این گزارش، علی‌اصغر حسینی، وکیل حمیدرضا بقایی نیز به اتهام «مشارکت در اخلال در نظم عمومی و معاونت در توهین و نشر اکاذیب» به این دادسرا احضار شده است.
حمید بقایی چند روز قبل دادگاه خود را «سیاسی» خوانده و به کنایه گفته بود که «نه ۶۳ حساب شخصی دارم، نه دخترم جاسوس انگلیس است و نه برادرم فاسد».
اشاره آقای بقایی به موضوع «حساب‌های شخصی» رئیس قوه قضائیه و گزارش تائیدنشده وبسایت آمد نیوز درباره «جاسوسی زهرا لاریجانی» دختر رئیس قوه قضائیه بود.
موضوع جاسوسی رئیس قوه قضائیه از سوی صادق لاریجانی، مقام‌های قوه قضائیه و وزیر اطلاعات تکذیب شد.
یک روز پس از این سخنان، رئیس قوه قضائیه با انتقاد از «سیاسی» خوانده شدن برخی پرونده‌ها، تهدید کرد که با «افترا و تخریب علیه این قوه برخورد خواهد شد تا این بساط جمع شود».
«وضعیت نابسامان قوه قضاییه» یکی از «ریشه‌های اصلی مشکلات لاینحل کشور»
آقای احمدی‌نژاد در نامه روز پنجشنبه خود نحوه رسیدگی به پرونده آقای بقایی را «حاکی از عمق وضعیت نابسامان جاری در قوه قضاییه» خواند که به گفته او، «این خود یکی از ریشه های اصلی مشکلات لاینحل کشور و فشار طاقت فرسا بر مردم محسوب می‌شود».
رئیس جمهور سابق ایران مقامات قوه قضائیه را متهم کرد که «به جای خدمت به مردم از قدرت قضایی به عنوان ابزاری در خدمت اهداف شخصی خود بهره می‌گیرند».
وی اضافه کرد: «آنها حق ندارند ادعای مبارزه با فساد را به بهانه و ابزاری برای برخورد سیاسی و نفسانی و ظلم و تجاوز به حقوق مردم و تعدی از قوانین و سرکوب تبدیل کنند».
آقای احمدی‌نژاد پیش از این نیز با انتشار یک فیلم و نوشته بازداشت نزدیکانش از جمله حمیدرضا بقایی و همچنین پرونده خود را با انتخابات آینده ریاست جمهوری و به گفته او، «نامزدی علی لاریجانی» در این انتخابات مرتبط دانسته بود.
رئیس جمهور سابق ایران در نامه روز پنج شنبه خود ابراز امیدواری کرد که قوه قضائیه «دست از سیاسی کاری و تخلف از قوانین و تعدی به حقوق مردم بردارد». به گفته او، قوه قضاییه «با احساس امنیت از اینکه کسی ناظر نیست و شکایت مردم از قوه قضاییه را نیز خودشان باید رسیدگی کنند، هرکاری دلشان می خواهد انجام دهند».
پیش از این نیز مقامات قوه قضائیه ایران اعلام کرده‌اند که این نهاد تنها به رهبر جمهوری اسلامی پاسخگو است.
صادق لاریجانی، رییس قوه قضائیه ایران، حتی نظارت مجلس خبرگان رهبری بر رهبر جمهوری اسلامی و نهادهای زیر نظر او را رد کرده و از جمله سال ۹۴ گفته‌های اکبر هاشمی رفسنجانی درباره نظارت مجلس خبرگان رهبری بر نهادهای زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی را «بی‌پایه»، «نادرست» و «آرزوها و توقعات غیرقانونی» خواند که به گفته وی، «ربطی به قانون اساسی ندارد».
