تنها ساعتی پس از سخنان تعدادی از امامان جمعه، به‌ویژه امام جمعه تهران، درباره «تخلف گسترده» در انتخابات ریاست جمهوری، ستاد انتخابات خواستار پاسخگویی از تریبون نماز جمعه به «مطالب نادرست و تفرقه‌انگیز» شد.
به گزارش خبرگزاری رسمی جمهوری اسلامی، ایرنا، این ستاد همچنین اعلام کرد که «پیگیری قانونی مطالب خلاف واقع را بخشی از رعایت حقوق مردم» می‌داند.
ستاد انتخابات کشور روز جمعه، پنجم خرداد، در نامه‌ای به رئیس شورای سیاستگذاری ائمه جمعه ایران بدون اشاره به جزئیات امامان جمعه را متهم کرد که «مطالبی نادرست و بعضا کذب در راستای تفرقه و انشقاق» در مورد عملکرد مجریان و ناظران انتخابات بیان کرده اند.
این ستاد از شورای سیاستگذاری ائمه جمعه خواست که هفته آینده زمانی در اختیار مقامات وزارت کشور قرار گیرد تا از تریبون نماز جمعه به «شبهات و مطالب ناصواب» پاسخ دهند و «توضیحات دقیق و منطبق بر واقعیات» را ارائه کنند.
ستاد انتخابات کشور به ریاست معاون سیاسی کشور تشکیل می‌شود و زیر نظر وزارت کشور فعالیت می‌کند.
در ادامه ایرادهای اصولگرایان ایران به نحوه اجرای انتخابات و طرح اتهام تخلف «گسترده»، تعدادی از امامان جمعه ایران در خطبه‌های پنجم خرداد نیز از «تخلف گسترده» در انتخابات ریاست جمهوری ۹۶ سخن گفتند.
از جمله احمد خاتمی، امام جمعه تهران، گفت که «گزارشات تخلفات در این دوره از انتخابات ریاست جمهوری بسیار زیاد است».
وی در عین حال اعلام کرد که این «تخلفات، اساس انتخابات را زیر سؤال نمی‌برد» و تغییری در نتیجه آن ایجاد نمی کند.
آقای خاتمی درباره جزئیات این «تخلفات» گفت که به برخی شعب برگه رای دیر ارسال شده و «در برخی شعب هم ارسال نشده است».
وی خواستار آن شد که «مقصرین» این اتفاق «محاکمه و به مردم معرفی شوند».
طرفداران آقای رئیسی از روز جمعه، ۲۹ اردیبهشت، مدام وزارت کشور را متهم کرده‌اند که با برخی اقدامات از جمله ارسال نکردن تعرفه (برگه رای) به صندوق‌هایی که امکان رای آوردن این نامزد انتخابات در آن بیشتر بود قصد تاثیرگذاری بر انتخابات را داشته است.
مقامات وزارت کشور اما اعلام کردند که به حوزه‌هایی که کمبود تعرفه داشتند تعرفه لازم ارسال شده است.
از سوی دیگر محمدعلی موحدی کرمانی، دبیرکل جامعه روحانیت مبارز، روز پنج‌شنبه رای ابراهیم رئیسی را «حلال» خوانده و خبر داد که درباره «تخلف‌های» انتخاباتی نشستی با دبیر شورای نگهبان داشته است.
وی گفت: «این تخلفات در نتیجه انتخابات موثر نیست، اما شاید رأی آقای رئیسی را از ۱۶ میلیون به ۱۹ میلیون و رأی آقای روحانی را از ۲۳ به ۲۱ میلیون برساند.»
وزارت کشور ایران سخنان دبیرکل جامعه روحانیت مبارز را «غیر قابل باور»، «باعث آسیب جدی به امنیت ملی» و «توهین» به دست‌اندرکاران انتخابات خواند.
احمد خاتمی روز جمعه در بخش دیگری از سخنان خود با جانبداری غیرمستقیم از ابراهیم رئیسی گفت که رئیس جمهور منتخب نباید «رقبا را دست‌کم بگیرد» و «۱۷ میلیون رأی حجم کمی نیستند».
وی تاکید کرد که «تندرو گفتن و افراطی» خواندن رقبا از سوی رئیس جمهور منتخب «مناسب نیست».
امام جمعه تهران همچنین بدون اشاره به جزئیات گفت که در جریان مناظره های انتخابات ریاست جمهوری نیز برخی نامزدها «ادب، اخلاق و حفظ حرمت نظام» را رعایت نکردند.
تعدادی از امامان جمعه دیگر شهرهای ایران از جمله قربانعلی دری نجف‌آبادی، امام جمعه اراک، نیز از به گفته آنان «بی‌اخلاقی‌ها» در مناظره های انتخابات ریاست جمهوری انتقاد کردند.
در مناظره های انتخابات ریاست جمهوری، حسن روحانی و اسحاق جهانگیری از یک سو و محمدباقر قالیباف و ابراهیم رئیسی از طرف مقابل شدیدا به یکدیگر حمله و اتهام‌هایی را علیه یکدیگر مطرح کردند که احمد خاتمی آنها را به گفته‌های اپوزیسیون جمهوری اسلامی تشبیه کرد.