دفتر اکبر هاشمی رفسنجانی گزارش خبرگزاری فارس درباره درخواست عفو مهدی هاشمی از رهبر جمهوری اسلامی را «دروغی آشکار» و «خبرسازی» با هدف «خنثی کردن آثارِ» گفته‌های پیشین آقای هاشمی رفسنجانی درباره ملاقات با پسرش خواند.
به گزارش خبرگزاری کار ایران، ایلنا، دفتر رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام ایران روز پنج‌شنبه، اول مرداد، در بیانیه‌ای اعلام کرد که گفته‌های پیشین آقای هاشمی رفسنجانی «کاملا روشن و مستند به حضور افراد و شاهدان عینی است».
این دفتر همچنین تاکید کرد که ملاقات آقای هاشمی رفسنجانی با رهبر جمهوری اسلامی و گفت‌وگوی این دو در این ملاقات «موضوع ساده‌ای نیست که این خبرگزاری‌ها با اخبار خودساخته و آن هم به نقل از افراد مجهول‌الهویه بخواهند آن را تکذیب کنند».
این بیانیه با تکرار گفته‌های پیشین آقای هاشمی رفسنجانی و با اشاره تلویحی به نام خبرگزاری‌های فارس و تسنیم اعلام کرد که «رسانه‌های وابسته به نهادهای خاص به دلیل سنگینی این مطالب برای آنان با خبرسازی و القائات خبری و قلب وقایع و اخبار، آن هم به نقل از منابع مطلع مجهول‌الهویه در صدد خنثی کردن آثار آن... برآمدند».
اکبر هاشمی رفسنجانی روز سه‌شنبه، ۲۳ تير، با اشاره به ملاقات با مهدی هاشمی در زندان اوین گفته بود که بازجويان از پسرش خواسته‌اند يا از رهبر جمهوری اسلامی درخواست عفو کند يا پرونده طولانی و چند هزار صفحه‌ايش را ادامه دهد.
وی همچنین گفته بود که در دیداری به رهبر جمهوری اسلامی گفته است که راضی نیست پسرش تقاضای عفو کند و رهبر جمهوری اسلامی «استدلال حرف‌های» او را پذيرفته است.
پس از انتشار این سخنان، خبرگزاری فارس، وابسته به سپاه پاسداران، روز۳۰ تیر به نقل از «یک فرد مطلع» روایتی متفاوت با گفته‌های آقای هاشمی رفسنجانی را مطرح کرد و این گزارش در خبرگزاری تسنیم، دیگر خبرگزاری وابسته به سپاه پاسداران، بازنشر شد.
بر اساس گزارش خبرگزاری فارس از گفته‌های این «فرد مطلع»، مهدی هاشمی یک ماه پس از بازداشت و کشف شدن «اسناد و مدارکی تازه از سازمان بازرسی وقت» که جرم او را «بسیار سنگین» می کرد، تقاضای ملاقات با پدرش را مطرح میکند.
بر اساس این گزارش، مهدی هاشمی در ملاقات با پدرش از خواسته است که از رهبر جمهوری اسلامی برای او تقاضای عفو کند، اما پس از گذشت چند روز اکبر هاشمی رفسنجانی به او خبر داده که آیت‌الله خامنه‌ای با تقاضای عفو او مخالفت کرده است.
به گفته این «فرد مطلع»، مهدی هاشمی پس از شنیدن این خبر «ناراحت شد و به گریه افتاد».
مهدی هاشمی دوم مهرماه سال ۱۳۹۱ پس از بازگشت به ايران در فرودگاه تفهيم اتهام شد و پس از معرفی خود به دادستانی، بازداشت شد. وی ۲۶ آذر ۱۳۹۱ پس از نزديک به سه ماه حبس، با قرار وثيقه آزاد شد.
غلامحسين محسنی اژه‌ای، معاون اول قوه قضائيه، روز ۲۱ خرداد خبر داد که حکم مهدی هاشمی تاييد شده است و «بالاترين حکم مجازات که تحمل ۱۰ سال زندان است در مورد او اجرا خواهد شد».
رسيدگی به پرونده وی در ماه‌های گذشته بارها در رسانه‌های ايران جنجال‌برانگيز شد و آقای اژه‌ای روز ششم تيرماه در خطبه‌های نماز جمعه تلويحا با اشاره به اين پرونده گفت که يک فرد «صاحب قدرت» قوه قضاييه را تهديد میکند.