بلافاصله بعد از مصوبه‌ی دولت مبنی بر کنار گذاشتن نیروی انتظامی از فرایند مجوزدهی به برنامه‌های فرهنگی معاون ستاد کل نیروهای مسلح ابلاغیه‌ای خطاب به فرمانده نیروی انتظامی پیرامون مسائل برخورد با آنچه اسلامگرایان «ناهنجاری‌های عمومی» می‌انگارند صادر کرد. جزایری در این ابلاغیه به فرمانده نیروی انتظامی می‌گوید: «مأموریت ناجا در برخورد با ناهنجاری‌های اخلاقی و رفتاری در برخی اماکن از جمله محل برگزاری کنسرت‌ها باید با جدیت انجام شود». (تسنیم ۳۱ تیر ۱۳۹۵)
این ابلاغیه در جهت خنثی کردن تأثیر اقدام دولت برای تضمین برگزاری کنسرت‌های دارای مجوز است. هیئت وزیران در جلسه ۱۳ تیر ۱۳۹۵، به پیشنهاد وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و به استناد اصل یکصد و سی و هشتم قانون اساسی در مصوبه‌ای با اصلاح ماده ۲۰ آیین‌نامه اماکن عمومی مصوب دهم دی ماه ۱۳۶۵، اختیارات نیروی انتظامی در ورود به کیفیت و نحوه برگزاری کنسرت‌های موسیقی را محدود به امور ترافیکی و انتظامی کرده و عملاً پای اماکن نیروی انتظامی را از پروسه صدور مجوز کنسرت بریده بود.
رئیس تیم نظارت و ارزیابی قرارگاه خاتم‌الانبیا درباره مصوبه اخیر هیئت دولت مبنی بر عدم استعلام از نیروی انتظامی در برگزاری کنسرت‌ها در کشور و اکتفا کردن این نیرو صرفاً به مسائل ترافیکی و انتظامی، می‌گوید: «مصوبه دولت نافی مأموریت‌های ذاتی و قانونی نیروی انتظامی نیست و تأثیر چندانی در اجرای دقیق مأموریت‌های پلیس ندارد. نیروی انتظامی ضمن احترام به مصوبه هیئت دولت، می‌بایست کما فی‌السابق این مأموریت مهم را دنبال کند». (تسنیم ۳۱ تیر ۱۳۹۵) سخنگوی ناجا در واکنش به مصوبه‌ی دولت می‌گوید «هیچ تغییری در مأموریت پلیس در موضوع برگزاری کنسرت‌ها ایجاد نشده است... مأموریت‌های نیروی انتظامی در این حوزه کمافی‌السابق انجام خواهد شد». (تسنیم اول مرداد ۱۳۹۵) به نظر می‌آید که مداخله‌ی نیروی انتظامی در کنسرت‌ها پایان نیافته است. علی جنتی وزیر ارشاد برای کاهش تنش میان دولت و نیروی انتظامی گفته است که بیشتر کنسرت‌ها توسط قوه‌ی قضاییه لغو شده‌اند و نه نیروی انتظامی اما این موضوع نمی‌تواند کاهش دایره‌ی اختیارات نیروی انتظامی توسط دولت را برای فرماندهان نظامی و انتظامی توجیه کند.
پیشینه
درگیر شدن نیروهای انتطامی و نظامی با قوه‌ی مجریه در جمهوری اسلامی سابقه‌ای طولانی دارد. فرماندهان سپاه در دوران ریاست جمهوری خامنه‌ای و هاشمی خود را در مقام مواجهه با نزدیکان خمینی نمی‌دیدند اما با روی کار آمدن خاتمی که رئیس‌جمهور مد نظر خامنه‌ای نبود زبانشان باز شد. بلافاصله بعد از حوادث دانشگاه تهران ۲۴ فرمانده‌ی سپاه در نامه‌ای به خاتمی وی را به اقدام نظامی علیه دولت تهدید کردند: «ما امروز رد پای دشمن را در این حوادث به خوبی می‌بینیم و قهقهه‌ی مستانه را می‌شنویم. امروز را دریابید که فردا خیلی دیر است و پشیمانی فردا غیرقابل جبران است... جناب آقای رئیس‌جمهور، اگر امروز تصمیم انقلابی نگیرید و رسالت اسلامی و ملی خودتان را عمل نکنید، فردا آن‌قدر دیر و غیرقابل جبران است که قابل تصور نیست. در پایان با کمال احترام و علاقه به حضرت‌عالی اعلام می‌داریم کاسه‌ی صبرمان به پایان رسیده و تحمل بیش از آن را در صورت عدم رسیدگی، بر خود جایز نمی‌دانیم».
در ۱۹ اردیبهشت ۱۳۸۳ در روزی که قرار بود فرودگاه جدید تهران افتتاح شود، نیروهای سپاه با پرواز جنگنده باند فرودگاه را بستند و مانع از نشستن هواپیمایی شدند که از دبی می‌آمد. این اقدام نیروهای سپاه صف‌بندی آشکار در برابر دولت خاتمی بود تا روشن شود که نهادهای قوای قهریه نه تنها در عرصه‌های سیاسی و فرهنگی بلکه در عرصه‌های عمرانی و اقتصادی مانع کار دولت می‌شوند تا خواسته‌های خود را از آن بستانند. سپاه در این کار نشان داد که حتی حاضر است به هر گونه سلاح برای تحمیل اراده‌ی خود به دولت بهره بگیرد.
در بیانیه‌ی سپاه درمورد فرودگاه تازه تأسیس تأمین امنیت فرودگاه در قبال اقدامات تروریستی علت مداخله‌ی نظامی در جریان افتتاح معرفی شده بود اما هیچ نشانه‌ای از این حمله وجود نداشت و نهادهای مسئول نیز چنین چیزی را تأیید نکردند. بدین ترتیب موضوع امنیت دستمایه‌ی نظامیان برای نادیده گرفتن مصوبه‌ی دولت خاتمی واقع شد. در برخورد با مصوبه‌ی دولت روحانی در مورد کنسرت‌ها نیز به همین موضوع اشاره شده است.
در دولت روحانی یکبار دیگر هم سپاه و دولت با هم سرشاخ شده بودند. در جریان بحث از قراردادهای نفتی جدید سپاهیان نیروهای بسیجی تحت فرمان خود را به جلوی وزارت نفت اعزام کردند تا با این قراردادها مخالفت کنند. در آن مورد سپاهیان کاری از پیش نبردند و دولت که تازه برجام را به انجام رسانده بود در برابر زیاده‌خواهی سپاه مقاومت کرد. درگیری سپاه و دولت بر سر نفت در دوران زنگنه که به حاکمیت بلامنازع سپاهیان بر وزارت نفت پایان داد آغاز شده بود. البته سپاه همچنان سهمی قابل توجه از پیمانکاری‌ها در حوزه‌ی نفت را به خود اختصاص داده است.
در دوره‌ی دوم دولت احمدی‌نژاد که ماه عسل دولت و سپاه به پایان رسیده بود سپاه برخی از نزدیکان احمدی‌نژاد را در پروژه‌ی «جریان انحرافی» بازداشت کرد و احمدی‌نژاد نیز آنها را برادران قاچاقچی نامید.
از زمان رخداد فرودگاه تهران رؤسای قوه‌ی مجریه متوجه بوده‌اند که اقدامی بر خلاف میل فرماندهان سپاه انجام ندهند. احتمالاً دولت روحانی مصوبه‌ی مربوط به اداره‌ی اماکن را تحریک کننده‌ی سپاهیان ندانسته بود وگرنه به چنین اقدامی دست نمی‌زد. اما بر خلاف انتظار دولت مقامات سپاهی حتی محدود شدن نحوه‌ی عمل اداره‌ی اماکن نیروی انتظامی را برتابیده‌اند.
نهاد دیگر محدود کننده‌ی قوه‌ی مجریه
دیوانسالاری دینی نیز همانند سپاه همواره خواستار دست بالاتر نسبت به دولت بوده است تا هم منابع مورد نظر را به دست آورد (مثل بودجه‌ی دلخواه) و هم دولت از آن حرف شنوی داشته باشد. هم در دوران خاتمی و هم در دوران روحانی جامعه‌ی مدرسین قم دولت را مورد تذکر و نامه‌پراکنی قرار داده است و اگر دولت به درخواست‌های آن کم‌توجهی کند کفن‌پوشان را در خیابان‌ها به راه می‌اندازند.
آخرین نامه‌ی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به عنوان اصلی‌ترین تشکل سیاسی نهاد روحانیت در کشور اواخر خرداد ۱۳۹۵ برای حسن روحانی ارسال شد. در این نامه نسبت به برخی رویکردهای فرهنگی دولت وی و نیز اظهارات و عملکرد برخی مقامات ارشد دولت یازدهم انتقاد شده است (تسنیم ششم مرداد ۱۳۹۵).
دولت هاشمی نمی‌گذاشت کار بدینجا برسد و در اختصاص امتیازات پیشدستی می‌کرد. البته در دوره‌ی او انتظارات از قوه‌ی مجریه پایین‌تر بود. دولت احمدی‌نژاد نیز در دور اول میلیاردها دلار نفتی را به سوی دیوانسالاری دینی سرازیر کرد اما در دور دوم به ازای منابع سرازیر شده حمایت زیادی نمی‌دید و از این جهت با روحانیت سر همکاری نداشت.
نهادهای غیرمنتخب علیه نهاد ظاهرا منتخب
در ایران دیوانسالاری مذهبی و نظامیانی که دست‌پرورده‌ی آنها هستند فعلاً با هم متحدند که این امر یکی از رموز بقای جمهوری اسلامی بوده است. این اتحاد هم سلبی (علیه تکنوکرات‌ها و دانشگاهیانی که برساخته‌ی آنها نیستند) و هم ایجابی است (در جهت منافع مشترک در مؤسسات اقتصادی). این اتحاد باعث شده است که قوانین مربوط به تفکیک قوا و قوانین عادی قربانی زورآزمایی نهادهای قدرتمند شوند.
هم نهادهای نظامی و هم دیوانسالاری دینی تلاش کرده‌اند دانشگاه‌های مد نظر خود را تأسیس کنند اما نتوانسته‌اند نهاد دانشگاه را کاملاً تحت نظر خود بگیرند. امروز بسیاری از فارغ‌التحصیلان دانشگاه‌های حوزوی (جامعه الصادق) و نظامی (دانشگاه امام حسین) در مناصب مدیریتی دانشگاهی و دولتی حضور دارند اما صدای دانشجویان و دانشگاهیانی که مطیع این دو نهاد نیستند همچنان شنیده می‌شود.
دیوانسالاری دینی و پاسداران متخصصان، تکنوکرات‌ها و دانشگاهیان(را که تحت نظر آنها نیستند) تحت نفوذ غرب می‌دانند و بدان‌ها اعتماد ندارند. از این جهت در دوره‌ی جمهوری اسلامی ثروت و مکنت و نفوذ نظامیان و روحانیون مدام افزایش داشته و ثروت و نفوذ متخصصان، تکنوکرات‌ها و دانشگاهیان مدام کاهش یافته است.
شکاف میان دانشگاه و حوزه در دهه‌های چهل و پنجاه که امروز به شکاف میان نهادهای نظامی و دیوانسالاری دینی از یک سو و دانشگاهیان و متخصصان و تکنوکرات‌ها از سوی دیگر تبدیل‌شده از شکاف‌های بسیار جدی و نگران کننده برای حکومت است. در ۳۸ سال گذشته منابع قدرت و ثروت و منزلت به سوی روحانیون و پاسداران حامی آنها سرازیر بوده است ولی این نهادها هنوز از اعتماد به نفس کافی برخوردار نیستند چون گروهی که اکثراً جامع المقدمات خوانده و به حقوق‌بگیر دولت و حکومت تبدیل شده‌اند (روحانیون) و گروهی دیپلم ردی با مدارک تقلبی (با عناوینی مثل سردار و استاد و وکیل و وزیر) خود بهتر از همه می‌دانند که شایستگی حکومت بر یک ملت را ندارند.
شکاف دیگر در حوزه‌ی سیاست شکاف میان نهادهای انتخابی (تهی‌شده از معنا در ۳۸ سال گذشته) و انتصابی است که حکومت با نظارت استصوابی و استعلام از وزارت اطلاعات تلاش داشته آن را پر کند. با این که تمام منافذ مردمی بودن نهادهای انتخابی و انعکاس مطالبات مردم توسط آنها بسته شده باز هم نهادهای انتصابی از وجود این نهادها نگرانی دارند.