علی لاریجانی، رئیس مجلس ایران روز یکشنبه یادآور شد که در مورد حضور اقلیت‌های دینی در شورای شهر بین مجلس و شورای نگهبان اختلاف نظر وجود دارد و در عین حال تأکید کرد که «اظهار نظر مجدد شورای نگهبان در مورد قوانین معنا ندارد».
در جلسه علنی روز یکشنبه هفتم آبان مجلس شورای اسلامی، علی لاریجانی تصریح کرد که «شوراها قوانینی دارند که سال‌ها قبل به تصویب رسیده و در یکی از تبصره‌های آن به شرایط عضویت اقلیت‌های دینی پرداخته شده است. بنابراین آنها می‌توانند طبق قانون با شرایطی عضو شوراها باشند».
او یادآور شد طبق قانون اساسی شورای نگهبان مهلتی ۱۰ روزه برای اعلام نظر در مورد قوانین دارد و اگر این فرصت کم بود مهلت ۱۰ روزه دوم اختصاص می‌یابد، و اگر اعلام نظر از سوی شورای نگهبان صورت نگیرد رئیس مجلس نظر قطعی را به دستگاه‌های اجرایی اعلام می‌کند.
رئیس مجلس ایران نتیجه‌گیری کرد که اظهارنظر مجدد شورای نگهبان در مورد قوانین «معنی ندارد، چرا که کشور را بر هم می‌زند».
استناد دیوان عالی عدالت اداری به نظر فقهای شورای نگهبان برای تعلیق عضویت سپنتا نیکنام، شهروند زرتشتی، در شورای شهر یزد، بار دیگر به بحث بر سر امکان یا عدم عضویت اقلیت‌های دینی در شوراهای اسلامی شهر و روستا دامن زده است.
آقای نیکنام پیشتر در دوره چهارم شوراها، برای یک دوره چهار ساله در شورای شهر یزد عضویت داشت، ولی اظهار نظر احمد جنتی دبیر شورای نگهبان در آستانه برگزاری انتخابات شوراها در سال ۹۶، امکان عضویت او و دیگر اقلیت‌های دینی در شوراهای شهر و روستا را در هاله‌ای از ابهام قرار داد.
گرچه در زمان برگزاری این انتخابات، هیئت‌های اجرایی و نظارت بر انتخابات شوراها، صلاحیت شماری از اقلیت‌های دینی را تأیید کردند و در نهایت هم در شهر یزد سپنتا نیکنام، شهروند زرتشتی، موفق به راهیابی دوباره به شورای شهر شد، اما شکایت یکی از نامزدهای بازمانده از راهیابی به شورای شهر یزد به دیوان عدالت اداری، زمینه ورود این دیوان به موضوع شد.
تصمیم این دیوان به تعلیق عضویت آقای نیکنام، از یک سو انتقاداتی را در گروه‌های سیاسی مختلف بر انگیخت و از سوی دیگر چند عضو شورای نگهبان به دفاع از عدم امکان عضویت اقلیت‌های دینی در شورای شهر پرداختند.
استناد اعضای شورای نگهبان به اصل چهارم قانون اساسی است که تأکید می‌کند «کلیه قوانین و مقررات مدنی، جزایی، مالی، اقتصادی، اداری، فرهنگی، نظامی، سیاسی و غیر اینها باید بر اساس موازین اسلامی باشد» و شورای نگهبان را به عنوان مرجع تشخیص این موضوع قرار داده است.
اما علی لاریجانی، رئیس مجلس، روز یکشنبه گفت که مراجعه به مذاکرات مجلس خبرگان قانون اساسی نشان می‌دهد، عبارت اسلامی به این معناست که «مطابق اسلام اداره شود و وجود اقلیت‌ها منعی ندارد».
او در عین حال گفته است که برداشت شورای نگهبان آن است که اصل چهارم قانون اساسی به این شورا اجازه می‌دهد که «وقتی تشخیص دارند که موضوعی مطابق اسلام نیست می‌توانند هر زمان آن را رد کنند».
او ابراز نظر کرده که «اگر بعد از گذشت چند سال، با استناد به اصل ۴ قانون اساسی مجدداً شورای نگهبان اعلام نظر کند، فلسفه وجودی مجمع تشخیص مصلحت نظام از بین می‌رود».
برپایه قانون اساسی ایران، مجمع تشخیص مصلحت نظام از جمله قرار است در موضوعاتی ورود کند که محل اختلاف مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان است.
در عین حال رئیس مجلس ایران تأکید کرده که «اگر قرار باشد تبصره‌ای از قانون تغییر کند هیچ جای دیگری نمی‌تواند وضع قانون داشته باشد و باید در مجلس تغییرات قانونی صورت گیرد».
در ساختار قدرت در جمهوری اسلامی، شورای نگهبان که قرار است قانون اساسی را تفسیر، مطابقت قوانین مصوب با شرع و قانون اساسی را تأیید و بر روند برگزاری انتخابات نظارت کند، اختیارات گسترده‌ای را برای خود قائل است.
از جمله در نظارت بر انتخابات مجلس و ریاست‌جمهوری، شورای نگهبان به «نظارت استصوابی» قائل است که به این شورا امکان می‌دهد در مورد صلاحیت نامزدها در هر مرحله از برگزاری و تأیید انتخابات ابراز نظر کند.
یکی از مناقشه‌برانگیزترین کاربردهای این شیوه نظارتی، رد صلاحیت مینو خالقی منتخب شهر اصفهان در مجلس دهم بود که شورای نگهبان پس از برگزاری انتخابات و تأیید صحت انتخابات در این حوزه انتخابی صلاحیت خانم خالقی را رد کرد.
اکنون در شرایطی علی لاریجانی بر رجوع به هیئت عالی حل اختلاف قوا برای رفع اختلاف نظر بر سر وضعیت سپنتا نیکنام تأکید کرده، که این هیئت پیشتر در موضوع مینو خالقی بر نظر شورای نگهبان صحه گذاشت.
رئیس این هیئت محمود هاشمی شاهرودی، و یک عضو دیگر آن عباسعلی کدخدایی، هر دو در شورای نگهبان عضویت دارند.