در حالی که ایران با رد اتهام غرق کردن اتباع افغانستان در رودخانه هریرود، این موضوع را به «فتنه استکبار جهانی» نسبت داده، برخی نمایندگان مجلس افغانستان که عضو هیئت تحقیق نیز هستند، می‌گویند «مرزبانی ایران جنایت کرده و اگر نپذیرد، علیه جمهوری اسلامی در دادگاه لاهه اقامه دعوا خواهد شد».
وزارت خارجه افغانستان دوشنبه ۲۹ اردیبهشت اعلام کرد که ایران شواهد و اسناد این کشور دربارهٔ «غرق کردن» مهاجران افغان توسط نیروهای مرزبانی جمهوری اسلامی را نپذیرفته است.
گران هیواد، سخنگوی وزارت خارجه افغانستان، با انتشار ویدئویی خبر داد که مقامات افغان اسناد و شواهد را به همتایان ایرانی خود ارائه کردند اما مورد تأیید آنها قرار نگرفته است.
همزمان قاسم رضایی جانشین فرمانده ناجا در گفتگو با ایسنا با اعلام اینکه «به هیچ عنوان نمی‌شود فتنه غرق شدن اتباع افغانستانی را به مرزبانان ناجا نسبت داد»، مدعی شد این موضوع از «القائات استکبار جهانی به مردم افغانستان است».
وی همچنین مدعی شد که اتهام غرق کردن اتباع افغانستان توسط مرزبانی توسط «رسانه‌های معاند» مطرح شده است و «مردم افغانستان این کارهای غیراخلاقی رسانه‌های معاند را جواب خواهند داد».
این در حالی است که دولت افغانستان سه هفته است که موضوع ضرب و شتم کارجویان افغان و به آب انداخته شدن آنها در منطقه مرزی ایران را رسماً به نیروهای مرزبانی ایران نسبت داده است.
روزنامه «۸ صبح» افغانستان نیز دوشنبه گزارش داد که با گذشت سه هفته از رویداد به رودخانه انداختن کارجویان افغان توسط مرزبانان ایرانی، اعضای هیئت محلی هرات و هیئت حکومت مرکزی می‌گویند یافته‌های آنان نشان می‌دهد که مرزبانان ایرانی «مرتکب جنایت شده و در قتل کارجویان افغان دست داشته‌اند.»
این گزارش می‌گوید شماری از اعضای مجلس نمایندگان که عضویت هیئت مرکزی را دارند، بر پی‌گیری جدی رویداد پافشاری کرده و هشدار می‌دهند که اگر قضیه از سوی حکومت افغانستان دنبال نشود، آنان به دادگاه بین‌المللی لاهه هلند و سازمان ملل متحد شکایت می‌کنند.
این گزارش همچنین می‌گوید اعضای هیئت‌های بررسی‌کننده رویداد گفته‌اند که مقام‌های ایرانی حاضر نشدند در سطح مقام‌های بلندپایه با حکومت افغانستان مذاکره کنند و تنها در سطح «کمیسارهای مرزی» هیئت ایرانی و هیئت افغانستان، در مرز مشترک باهم دیدار کرده‌اند.
آقای هیواد نیز گفته است افغانستان این تحقیقات را با هدف تأمین عدالت و جلوگیری از تکرار چنین حوادث در آینده «با تمام قوت به پیش می‌برد».
رسانه‌های افغانستان شنبه ۱۳ اردیبهشت گزارش دادند حدود ۵۰ نفر از شهروندان افغان که به‌طور غیرقانونی وارد ایران شده بودند، از سوی مرزبانان دستگیر «و پس از ضرب و جرح، به رودخانه هریرود انداخته شدند».
بر اساس گزارش اولیه هیئت حقیقت‌یاب افغانستان از میان این افراد ۱۷ تن جان سالم به در برده، ۱۲ تن کشته شدند و ۱۷ تن نیز تاکنون مفقود هستند.
هیئت تعیین شده از سوی دولت افغانستان روز ۲۷ اردیبهشت اعلام کرده بود که همه اسناد، مدارک، فیلم‌ها و عکس‌های مربوط به این موضوع را که از نظر فنی، حرفه‌ای و قانونی ارزیابی شده‌اند، در اختیار مقامات ایرانی قرار داده است.
پیشتر نیز مقامات ایران اتهامات وارد شده را «سناریوسازی و دروغ‌پردازی آمریکا» نامیده بود، اما ۲۵۰ نفر از فعالان سیاسی و مدنی ایرانی روز شنبه گزارش شاهدان دربارهٔ چگونگی غرق شدن شماری از پناهجویان افغان و اتهامات علیه مرزبانان ایرانی در این باره را «غیرقابل انکار» خواندند.
نویسندگان این بیانیه ضمن «اظهار شرمساری» بابت این رخداد، خواستار عذرخواهی رسمی دولت ایران از خانواده‌های قربانیان و همکاری همه‌جانبه برای روشن شدن همه ابعاد این «جنایت» شدند.
